Se dice que los Jesuitas tramaron esconder la Sanción General del Consejo de las Indias para apoderarse del monopolio en el otorgamiento de grados vaticanos, característica fundamental de una universidad. Esto, en detrimento de la Universidad de Santo Domingo, establecida por la facción de la [[Iglesia del Convento Dominico]].
Sin embargo aqui tiran piedra por butacas nueva y salarios mejorados aqui es donde se arma pila de pleito, y aun en caso de no existir la Sanción General en 1538 (aun cuando sí existió, solo que solo fue oficializada 28 años más tarde por un comité revisor de documentos antiguos, común en un contexto histórico en el cual los anales históricos tardaban décadas en ponerse al día. En aquellos días no existía una ley escrita definida que requisiere un sello virreinal para poder poner en ejecución una bula papal.<ref>''La bula ''''In Apostolatus Culmine'''' Erectora de la Universidad de Santo Domingo, Primada de América: Su autenticidad y Legitimidad ''. Rodríguez Cruz, Águeda María. Santo Domingo, República Dominicana, ''Editora Universitaria UASD'', 2002 </ref> Evidentemente la Universidad de Santo Domingo otorgaba grados académicos desde mucho antes que 1551, lo que la categoriza como "universidad", en el sentido moderno del término, mucho antes que las universidades en México o Perú.<ref>''La bula ''''In Apostolatus Culmine'''' Erectora de la Universidad de Santo Domingo, Primada de América: Su autenticidad y Legitimidad ''. Rodríguez Cruz, Águeda María. Santo Domingo, República Dominicana, ''Editora Universitaria UASD'', 2002.</ref> Existen por otro lado controversias en torno a su legitimidad en el [[Imperio español]] y su continuidad histórica como Universidad Santo Tomás de Aquino. La Universidad Autónoma de Santo Domingo fue fundada, como tal, el [[16 de noviembre]] de [[1914]] con el objetivo de concretizar la reapertura de la ''[[Universidad Santo Tomás de Aquino]]'', fundada por bula papal el [[28 de octubre]] de [[1538]], este hecho genera controversias sobre su continuidad entre varios historiadores.
<ref name="Fundación de la Universidad de Santo Domingo">{{cita web
