El ex boxeador falleció a través de un suicidio el día 1 de julio de 2009, entre las 3 y 3:30 am, de acuerdo a un informe del Instituo de Medicina Legal local. Además se rumora que fué asesinado,(esto aun no se confirma)pero es elrumor entre la población. <ref name=nuevo>[http://www.elnuevodiario.com.ni/nacionales/51385 ¿Qué pasó, Alexis?]. El Nuevo Diario. Consultado el 2 de julio de 2009.</ref>Ante el hecho, el Presidente de la República de Nicaragua Daniel Ortega suspendió su viaje para la toma de posesión del presidente de Panamá [[Ricardo Martinelli]], y decretó duelo nacional,<ref>[http://www.el19digital.com/index.php?option=com_content&id=4525, ''Tres días de duelo por fallecimiento de Alexis'', El 19 Digital, 01-07-09,]</ref> por tres días por la trágica desaparición del considerado mejor boxeador nicaragüense de todos los tiempos, ordenando que la [[bandera de Nicaragua]] fuese izada a media asta. Las calles de la capital Managua fueron desbordadas por varias decenas de miles cuando el recorrido fúnebre recorría las principales arterias de la ciudad. Su restos mortales fueron expuestos en el vestíbulo del [[Palacio de la Cultura]] en Managua. Asimismo, una misa fue oficiada el siguiente día del fallecimiento en la [[Plaza de la Revolución (Nicaragua)|Plaza de la Revolución]] por el cardenal [[Miguel Obando y Bravo]] en honor del pugilista, siendo enterrado en el cementerio privado Jardines del Recuerdo a las 3:00 del viernes [[3 de julio]].<ref>[http://www.elnuevodiario.com.ni/nacionales/51510 Misa campal por Alexis]. El Nuevo Diario. Consultado el 3 de julio de 2009.</ref>
