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|añoacceso=[[2009]]
|fecha=[[8 de marzo]] de [[2007]]
|editor= iusport.es}}</ref><ref name="El juez archiva la 'operación Puerto' que dejó sin correr a 54 ciclistas sospechosos">{{cita web |url=http://www.elmundo.es/papel/2007/03/10/deportes/2095395.html |título=El juez archiva la 'operación Puerto' que dejó sin correr a 54 ciclistas sospechosos|fechaacceso=[[24 de marzo]] |añoacceso=[[2009]] |fecha=[[10 de marzo]] de [[2007]] |editor= [[El Mundo (España)|El Mundo]]}}</ref> No obstante, dicho informe no tenía en cuenta que la investigación no trataba de un consumo puntual, sino un consumo continuado y en combinación con otras sustancias, una situación con efectos perjudiciales demostrados para la salud, según consta en diversa bibliografía médica, así como en una publicación de un médico especialista de la [[Clínica Universitaria de Navarra]].<ref name="Los interrogantes de un 'caso cerrado'"/>
El juez tampoco pidió a la [[Agencia Española de Medicamentos y Productos Sanitarios|Agencia Española del Medicamento]] (AEM) un informe sobre los medicamentos intervenidos y sus posibles efectos adversos. Se daba la circunstancia de que parte de los medicamentos incautados durante los registros estaban caducados, eran falsificaciones o correspondían a lotes retirados del mercado por su alta peligrosidad. Al no pedir el juez el informe de la AEM, dichos hallazgos no pudieron ser completamente demostrados, impidiendo así que estos hechos pudieran ser utilizados como argumentos que demostrarían la existencia de un delito contra la salud pública.<ref name="Los interrogantes de un 'caso cerrado'"/>
Además, el juez (que aceptó la versión de Fuentes de que algunos fármacos dopantes eran para uso personal) archivó el caso antes de recibir un informe del Centro de Transfusiones de la [[Comunidad de Madrid]] sobre las condiciones en las que se conservaban las bolsas de sangre destinadas a las autotransfusiones.<ref name="Los interrogantes de un 'caso cerrado'"/> Asimismo, en su auto de archivo no hizo referencia alguna al doble positivo por transfusión homóloga de dos de los clientes identificados de la red de Fuentes ([[Tyler Hamilton]] y [[Santi Pérez]], ambos del equipo [[Phonak]]), que según el diario ''[[El País]]'' podría haberse debido a una confusión a la hora de realizar sus respectivas autotransfusiones, lo cual hubiese podido provocar en caso de no haber sido compatibles una reacción de hipersensibilidad tipo II (con sus consiguientes riesgos para la salud de ambos deportistas, como vivió en primera persona [[Jesús Manzano]]).<ref name="Los interrogantes de un 'caso cerrado'"/>
Por último, el juez argumentaba en su archivo que ningún deportista había resultado dañado por las terapias del doctor Fuentes, una afirmación controvertida ya que los daños del dopaje en el organismo no pueden medirse a corto plazo.<ref name="“Le pongo tres dosis y que se busque la vida”">{{cita web
|url=http://www.interviu.es/default.asp?idpublicacio_PK=39&idioma=CAS&idnoticia_PK=40691&idseccio_PK=547&h=
|título=“Le pongo tres dosis y que se busque la vida”
|fechaacceso=[[11 de agosto]]
|añoacceso=[[2009]]
|fecha=[[19 de marzo]] de [[2007]]
|editor= [[Interviú]]}}</ref> Además, en su auto el juez tampoco incluía los informes médicos referentes a [[Marcos Serrano]],<ref name="“Le pongo tres dosis y que se busque la vida”"/> el ciclista que abandonó el [[Giro de Italia 2006]] y estuvo hospitalizado varios días en la [[Unidad de Cuidados Intensivos|UCI]] una semana después de haberse inyectado, según la investigación de la Guardia Civil que le identificaba como cliente de la trama, una bolsa de sangre propia.<ref name="Pantani, el paciente muerto del doctor Fuentes">{{cita web
|url=http://www.interviu.es/default.asp?idpublicacio_PK=39&idioma=CAS&idnoticia_PK=34726&idseccio_PK=547&h=
|título=Pantani, el paciente muerto del doctor Fuentes
|fechaacceso=[[10 de agosto]]
|añoacceso=[[2009]]
|fecha=[[3 de julio]] de [[2006]]
|editor= [[Interviú]]}}</ref>
=====Primera reapertura =====
La sección n.º 5 de la [[Audiencias Provinciales de España|Audiencia Provincial de Madrid]], atendiendo a los seis recursos presentados ([[Unión Ciclista Internacional|UCI]], [[Agencia Mundial Antidopaje|AMA]], [[Asociación Internacional de Grupos Ciclistas Profesionales|AIGCP]], [[Real Federación Española de Ciclismo|RFEC]], [[Ministerio Fiscal de España|Fiscalía]] y [[Abogacía General del Estado]]),<ref name="El juez dice que no está obligado a investigarlo todo en la Operación Puerto"/><ref name="Saiz no quiere a la AMA en la Operación Puerto">{{cita web
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