Martí, y sus compañeros de la Universidad de EL Salvador y miembros de la Federacion Regional de Trabajadores Salvadoreños (FRTS) Luna y Zapata y escritores para el boletin la Estrella Roja, estuvieron encarcelados en la Vieja Penitenciaria de San Salvador luego de haber sido encontrados por elementos de la Policia Nacional, y Osmin Guerra como Director de ella. Fueron juzgados y condenados por un tribunal militar, solamente Marti acepto su responsabilidad por ser el maximo lider del levantamiento insurrecional, por su parte, defendio a los estudiantes Luna y Zapata, diciendo que ellos no habian sido profundamente involucrados en los hechos. En efecto, antes de Marti, se le permitio la palabra a Luna y a Zapata y ellos dijeron ante el tribunal no ser directamente responsables de los hechos, sino que habian buscado a un maestro en Farabundo Marti, al ser ellos buscados por publicar el boletin Estrella Roja. Cuando los sacerdotes le preguntaron a Marti si queria confesarse antes de ser fusilado, el dijo que no tenia pecados por los cuales confesarse y que habia perdido la fe en los principios omnipotentes de justicia y amor, y pregunto al sacerdote si era justo lo que habian hecho el ejercito y los burgueses a los fallecidos de "nuestros rangos", aun acuso al clero de ayudar a los militares y esclavizar al pueblo y luego pregunto: es esto amor?.{{citarequerida}} Los otros dos acusados si se confesaron y aun Luna cuando fue permitido de decir algo admitio que no habia comprendido los actos que serian necesarios para hacer justicia por los pobres, ya que se le acusaba de los actos inhumanos hechos por la revuelta comunista. Los tres fueron fusilados el [[1 de febrero]] de [[1932]]. También perecieron otros dirigentes del levantamiento, como [[Feliciano Ama]] (líder indígena de [[Izalco]]), Francisco Sánchez (que dirigió el levantamiento de [[Juayúa]]).
