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Otro de los motivos que suelen citarse para justificar la Conquista del Desierto era el temor del presidente [[Nicolás Avellaneda]] a una posible invasión y conquista por el ejército chileno, que ya había conquistado numerosos territorios durante la [[Guerra del Pacífico]]. Una vez concluida la [[Guerra del Pacífico]], Chile se dedicó de lleno a dominar a los indígenas al sur del río Bío-Bío, antigua frontera entre el Imperio Español y el pueblo mapuche, en una operación que en la historia de Chile se llama, eufemísticamente, [[Pacificación de la Araucanía]].
Roca, al mando de un ejército moderno y bien pertrechado, conquistó la Patagonia oriental venciendo la resistencia de los pueblos originarios de etnia [[mapuche]], causando una gran cantidad de víctimas y desplazando a las poblaciones restantes a regiones periféricas exterminado pueblos y culturas enteras. Se estima que la campaña fue causa directa de la muerte de más de mil indígenas.<ref>Según el informe del jefe militar Julio Roca, al parlamento, se mataron 1.323 personas.</ref> Las tribus que sobrevivieron fueron desplazadas a las zonas más periféricas y estériles de la Patagonia. Unos 10.000 nativos<ref>Roca, muy poco después presidente, acotó ante el Congreso de la Nación, que también se habían tomado como prisioneros a 10.539 mujeres y niños y 2.320 guerreros.</ref> fueron tomados prisioneros y unos 3.000 enviados a Buenos Aires, donde eran separados por sexo, a fin de evitar que procrearan hijos.<ref>[[Osvaldo Bayer]] diría que “Roca fue implementando la esclavitud en el frente, lo que aquella brillante [[Asamblea del año XIII]] había eliminado cuando declaró la libertad de vientres, en todos los diarios de Buenos Aires, en 1879, se pueden ver los avisos donde dice reparto de indios, recorran los diarios. Y ''[[La Nación (diario)|La Nación]]'' del [[21 de enero]] publicó esta crónica: ‘Llegan los indios prisioneros con sus familias a los cuales los trajeron caminando en su mayor parte o en carros, la desesperación, el llanto no cesa, se les quita a las madres sus hijos para en su presencia regalarlos a pesar de los gritos, los alaridos y las súplicas que con los brazos al cielo dirigen las mujeres indias. En aquel marco humano los hombres indios se tapan la cara, otros miran resignadamente al suelo, la madre aprieta contra el seno al hijo de sus entrañas, el padre indio se cruza por delante para defender a su familia de los avances de la civilización.’</ref> las mujeres fueron dispersas por los diferentes barrios de la ciudad como sirvientas, mientras una parte de los hombres fueron enviados a la [[isla Martín García]], donde murieron, en su gran mayoría, a los pocos años de reclusión.
[[Archivo:Monumento julio A. Roca.jpg|thumb|200px|Monumento 1878-1879 ubicado en los alrededores de la ciudad de Choele Choel]]
[[Archivo:Monumento de roca parte trasera.jpg|thumb|200px|Parte trasera del monumento 1878-1879]]
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