Era un poco mamoncete.El 17 de octubre del año 412 sucede a su tío en el patriarcado alejandrino, su episcopado continuó su feroz lucha de poder entre las sedes de [[Alejandría]] y [[Constantinopla]], pero además se caracterizó por un nuevo aumento de la presión contra paganos, herejes y judíos (tras la calma de los últimos años de [[Teófilo]]) y sus roces con el poder imperial. Uno de sus primeros actos fue la persecución de los novacianos (a pesar de la existencia de un edicto imperial de tolerancia hacia ellos) ordenó cerrar por la fuerza sus iglesias, expulsándolos del país y decomisó el patrimonio tanto eclesiástico como el privado del obispo novaciano Teopento.
Cirilo persiguió también a los mesalianos (del sirio msaliyane = orantes) que ya habían sido declarados herejes en el sínodo de [[Side]] de [[Panfilia]] del año [[390]]. Los mesalianos defendían la creencia que la salvación sólo se puede ganar gracias a la continua oración.
