* Es un problema colateral al empleo de transgénicos. Algunos autores{{cita requerida}} suponen que en las especies resistentes a herbicidas los agricultores los emplean en cantidades mayores a las que se podía usar anteriormente. Y ante la aparición de malezas tolerantes al glifosato (el herbicida por excelencia de los cultivos de soja transgénica) ahora se lo combina con 2-4 D, un herbicida aún más tóxico.
* La posibilidad de usar intensivamente insecticidas a los que son resistentes los transgénicos hace que se vean afectadas y dañadas las especies colindantes (no resistentes). No obstante, existen evidencias científicas de que los cultivos de transgénicos resistentes a insecticidas permiten un menor uso de éstos en los campos, lo que redunda en un menor impacto en el ecosistema que alberga al cultivo.<ref name="Morse">{{Citation | title = Why Bt cotton pays for small-scale producers in South Africa | url = http://www.nature.com/login/scidev_login.taf?ref=/nbt/journal/v22/n4/full/nbt0404-379b.html | year = 2004 | journal = Nature Biotechnology | pages = 379–380 | volume = 22 | issue = 4 | last1 = Morse | first1 = S. | last2 = Bennett | first2 = R. | last3 = Ismael | first3 = Y. | accessdate = 6 de mayo de 2009}}</ref>
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;Contaminación de variedades tradicionales
* El polen de las especies transgéncias puede fecundar a cultivos convencionales que viaja transportado por el viento o por insecto polinizadores, obteniéndose híbridos y transformando a estos cultivos en transgénicos. Esto no sólo elimina la biodiversidad existente sino que incluso perjudica a los agricultores que sin saberlo pueden estar cultivando especies transgénicas por lo que las corporaciones biotécnológicas pueden enjuiciar a estos agricultores por no pagar la patente de las semillas genéticamente modificadas. En la naturaleza esteEste fenómeno ya ocurre con las variedades no transgénicas hoy en día. Además, la [[transferencia horizontal]] a bacterias de la [[rizosfera]] es posible{{cita requerida}}.
;Muerte de [[insecto]]s no objeto
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=== Etiquetado de alimentos transgénicos ===
Debido a la sensibilización del [[opinión pública|público]] en este campo y para cumplir el derecho que tienen los consumidores a saber lo que consumen, las [[legislación|legislaciones]] de muchos [[país]]es empiezan a tener en cuenta este tema, obligando, por ejemplo, a rotular explícitamente los [[Alimento transgénico|alimentos]] en cuya composición se incluyen los transgénicos. En Estados Unidos y Canadá no existees necesario este etiquetado,<ref>Trade barriers seen in EU label for bio-engineered ingredients. (Regulatory and Policy Trends). Business and the Environment 13.11 (Nov 2002): p14(1).</ref> pero sí en la Unión Europea, Japón, Malasia y Australia.<ref name="Northwestern">[http://www.law.northwestern.edu/journals/njtip/v5/n1/8/ northwestern.edu] Northwestern Journal of Technology and Intellectual Property Paper on: "Consumer Protection" Consumer Strategies and the European Market in Genetically Modified Foods Quote: ''The recent [[Trans Atlantic Consumer Dialogue]] (TACD) Statement on the WTO decision makes this clear: "clearly consumers' preference for non-GM food is the true engine of the market collapse for American crops."'' and '' For instance, Evenson notes that the politicization of GMOs is not merely a question of labeling as information, but unlabeled GM products as catalysts in the "globalization backlash."'' </ref><ref name="CBC">[http://archives.cbc.ca/400d.asp?id=1-75-1597-10956&wm6=1 CBC] Identifying genetically modified products. Quote: ''Yet as seen in this report from CBC's Marketplace, no such labeling law exists in Canada despite numerous surveys indicating up to 90 per cent of Canadians want mandatory labeling of GM food. Canada's leading national consumer group does not support mandatory labeling. It appeared to reverse its stance on December 3, 2003: http://www.consumer.ca/1626 '' </ref> Este etiquetado requiere la separación de los componentes transgénicos y no transgénicos durante su producción pero también durante el procesado subsiguiente, lo que exige un cuidadoso seguimiento de su [[trazabilidad]].<ref name="Northwestern" /><ref name="CBC" />
