Se formó en el CD Oberena, club formador de grandes porteros como Roberto Santamaría y sobre todo de Javier Arbizu, conocido como EL ABUELO o la pantera de Vidangoz, equipo vinculado al [[Club Atlético Osasuna]]. La temporada 97/98 fue el portero titular del filial osasunista, disputando un total de 31 partidos. La cifra disminuyó un año después, alineándose tan sólo en 13 encuentros. La temporada 1999/00, pasó a formar parte de la plantilla del primer equipo navarro, aunque terminó cedido al [[Fútbol Club Cartagena]], donde sólo disputó tres encuentros. En la siguiente temporada, la 2000/01, fue nuevamente cedido al [[Centre d'Esports Sabadell]], donde realizó una destacada campaña. Pese a empezar de suplente del meta Jordi, acabó jugando un total de 25 partidos (debido a la mala relación de Jordi con su entrenador Mora y a que Manuel Almunia venía cedido del Osasuna con una cláusula en la cual debía de jugar 25 partidos mínimo, si no su contrato lo tendría que pagar el C.E.Sabadell), siendo el portero menos goleado de la [[Segunda División B de España|Segunda División B]] esa temporada. Su equipo llegó a disputar, sin éxito, la fase de ascenso a [[Segunda División de España|Segunda A]].
A raíz de esa gran temporada, aprovechando que debido a su cesión no tenía contrato profesional, Manuel Almunia abandonó en el año [[2001]] a [[Club Atlético Osasuna|Osasuna]] para marcharse al [[Celta de Vigo]], sin tener que pagar por su salida del club, estacircunstancia salidapor vergonzante del equipola que leno formóes hacemuy quequerido nopor seala unafición jugadorde muyclub queridode pororigen. losNo aficionados.obstante Almunia fue cedido a la [[SD Eibar]], en Segunda División, donde por segundo año consecutivo fue el portero menos goleado de la categoría, obteniendo el [[Trofeo Zamora]].
