Javier se pica la cola con un palo de escoba [[Club Deportivo Guadalajara|Guadalajara]] con tan sólo 9 años de edad.<ref>[http://www.goal.com/es/news/21/fichajes/2010/04/08/1869576/mercado-es-oficial-el-manchester-united-acuerda-el-fichaje Es oficial, el Manchester United acuerda el fichaje del 'Chicharito' Hernández]</ref> En la temporada [[2005]]-[[2006|06]], Javier se unió al [[Chivas Coras]], un equipo filial de [[Tepic]], [[Nayarit]]. El «chicharito» sobresalió de tal forma que en el [[Torneo Apertura 2006 (México)|Apertura 2006]] debutó con el primer equipo el [[9 de septiembre]] de [[2006]] en la victoria de su equipo por 4-0 sobre el [[Club Necaxa]], en donde Javier anotó el último gol al minuto 83.<ref>[http://www.esmas.com/deportes/futbol/565288.html Golea Chivas a Necaxa en el Jalisco]</ref> Ese fue su único gol en 8 partidos disputados entre [[2006]] y [[2007]]. También disputó 6 partidos entre [[2007]] y [[2008]] con las Chivas, aunque sin ninguna anotación.
En el [[Torneo Apertura 2008 (México)|Apertura 2008]], Javier disputó 7 partidos, aunque sin ninguna anotación, y en el [[Torneo Clausura 2009 (México)|Clausura 2009]], Javier anotó 4 goles en 15 partidos con las Chivas. No fue sino hasta el [[Torneo Apertura 2009 (México)|Apertura 2009]] cuando el «chicharito» comenzó a sobresalir con las Chivas, terminando como el tercer máximo goleador del torneo, al haber anotado 11 goles en 17 partidos, convirtiéndose en titular indiscutible.
