Tras las [[elecciones legislativas de Colombia de 2010]], el movimientos politico Compromiso Ciudadano no logró las metas planteadas para conseguir congresistas y el umbral para obtener reconocimiento de partido politico. Segun un analisis de la revista Semana, el [[Partido Verde (Colombia)|Partido Verde]] restó votos a la propuesta de Fajardo, a la que tacharon de personalista.<ref>[http://www.semana.com/noticias-nacion/hombre-verdes/136627.aspx Revista Semana: El hombre de los verdes]</ref>
Sin embargo, Fajardo se lanza oficialmente como formula vicepresidencial del candidato a la presidencia por el Partido Verde, [[Antanas Mockus]] el día 12 de Abril del 2009. Mockus, alcalde de Bogotá en dos ocasiones, es considerado en gran medida responsable por la gran transformación y desarrollo de la ciudad, junto a su compañero de partido Enrique Peñalosa [http://www.megavideo.com/?v=0MKNIESG], como lo es Fajardo respecto a la mejoría en Medellín. Mockus comparte con Fajardo una filosofía que enfatiza en la educación y cultura ciudadana como vía fundamental para el desarrollo nacional; insistiendo sobretodo en la legalidad, pues "Transformar la cultura es determinante para la transformación de un País." [http://www.partidoverde.org.co/ProgramaGobierno.aspx]Así, Mockus y Fajardo son la formula del nuevo [[Partido Verde (Colombia)]], que en las elecciones para el 2010 obtiene entre miembros del Senado, Cámara de Representantes, Gobernadores, Diputados, Alcaldes, Concejales y Ediles, 371 miembros elegidos y que avanza con una creciente popularidad. Para el 16 de Abril del 2010, las encuestas muestran a Mockus como la mayor amenaza para el candidato presidencial por el partido de la U, [[Partido Social de Unidad Nacional]] (el Uribismo), [[Juan Manuel Santos]]. [http://www.eldiario.com.co/seccion/POLITICA/mockus-muy-cerca-de-santos100415.html]
