Raul statea Carolinense purto manquilalLa liga se amplió a 12 equipos en [[1998]], añadiendo al [[Chicago Fire]] a la Conferencia Oeste y al [[Miami Fusion]] a la Conferencia Este. En [[2000]], la liga se reorganizó en las conferencias Este, Central y Oeste; Chicago, Tampa Bay, Dallas y Columbus fueron trasladados a la nueva conferenecia central. No obstante,los problemas actuales de la liga financieros llevaron a la salida del Comisario Doug Logan después de la final de la temporada de 1998. Don Garber, un jefe ex NFL Internacional, fue contratado en su lugar y su liderazgo se convirtió en un instrumento para apuntalar el futuro de la liga. La construcción de estadios de fútbol (Soccer-specific stadium, SSS) para los equipos de la liga, financiado en gran parte por los financistas como Lamar Hunt y Phil Anschutz, se convirtió en un punto de énfasis para lograr la salud fiscal y garantizar la supervivencia de la liga. Columbus Crew Stadium, construido en 1999, se cita a menudo como un modelo de la liga.
A pesar de este movimiento, asistencias descenso forzoso MLS para detener el sangrado mediante la contratación de dos de las franquicias de Florida en la temporada de [[2001]], los dos equipos de Florida (Miami y Tampa Bay) desaparecieron y la liga volvió a ser de diez equipos. La liga volvió a ser de sólo dos conferencias, como era originalmente, con Chicago en la conferencia este.
