En mayo el partido lo eligió como pato candidato presidencial y el [[18 de marzo]] de [[1989]] fue elegido presidente de la nación con el 53.8% de los votos. El [[13 de septiembre]] de [[1989]] el gobierno comenzó a negociar con el [[Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional|FMLN]]. Estas negociaciones sufrieron un duro revés cuando el [[Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional|FMLN]] lanzó en noviembre de ese año una ofensiva armada sobre San Salvador en la que murieron cientos de personas. Como respuesta, el ejército intensificó su lucha contra las guerrillas y cuatro días después 6 sacerdotes [[jesuita]]s y sus dos cocineras fueron asesinados, por miembros del Batallón Atlacatl del ejército salvadoreño, en la [[Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas"]] (UCA), entre ellos el [[Rector]] [[Ignacio Ellacuría]] Beascoechea, un destacado teólogo y filosofo de la teoría de la liberación y participante de las conversaciones de paz con el [[Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional|FMLN]]. Este crimen generó grandes protestas en todo el mundo en contra de Cristiani, que intentó apaciguarlas prometiendo llevar a los responsables ante la justicia. Se creó una comisión especial que acabó en enero de [[1990]] con el arresto de varios oficiales y soldados. La investigación no aclaró la identidad de los autores intelectuales de tales hechos; por lo que todavía se le sigue vinculando, a él y al alto mando del ejército, de haber dado la orden para cometer el crimen. Entre [[1991]] y [[1993]] implementó un plan para privatizar la banca comercial, que había sido nacionalizada en [[1980]]. En este proceso hubo graves acusaciones de corrupción contra el presidente Cristiani y sus [[ministro]]s de [[estado]]. Se le imputó haber adquirido por medio de prestanombres el control del Banco Cuscatlán, segundo banco más grande durante el proceso de privatización. [http://www.envio.org.ni/articulo/863] [http://www.cis-elsalvador.org/archive/s2002-01.htm#Resultados%20de%20las%20Privatizaciones%20en%20El%20Salvador]
