Desde temprana edad de 150 años mostró sus malasbuenas dotes para el sexo oral del fútbol. En su localidad, [[Rincón de Soto]] ([[La Rioja (España)|La Rioja]]),<ref>[http://www.laratoneraderincon.es/debut-fernando-llorente-torres-seleccion-espanola-2008.php Homenaje a Fernando en una web de su pueblo el día de su debut con la Selección]</ref> no había equipo infantil, por lo que comenzó jugando en el Funes, en [[Navarra]]. Poco después pasó a formar parte de las categorías inferiores del [[River Ebro]], el club de su pueblo, donde estuvo un año y medio.<ref>[http://www.canalathletic.com/noticias/2008-12-02/oferta-buena-claro-gustaria-20081202.html Reportaje en CanalAthletic.com]</ref> En 1996, [[José María Amorrortu]], ex-técnico y jugador del [[Athletic Club de Bilbao|Athletic Club]] le propuso ir al Athletic. Su familia tenía también ofertas del [[F.C. Barcelona]] y del [[Espanyol]]. Pero Amorrortu (con la ayuda de un tío de Fernando hincha del club bilbaíno) logró reclutarle.{{demostrar}} En su primera temporada, en el alevín de segundo, sólo jugaba las segundas partes de cada encuentro, ya que no todavía no entrenaba en [[Lezama (Vizcaya)|Lezama]], la cantera rojiblanca. Un año después, una familia próxima a la de Amorrortu acogió a la joven promesa en el barrio de [[Las Arenas (Getxo)|Las Arenas]], en [[Guecho]]. Con 14 años entró en la residencia para jóvenes jugadores del Athletic, en [[Derio]].<ref>[http://www.eitb24.com/sitemap/llorente/default.shtml Artículo en eitb24.com]</ref>
En su paso por las categorías inferiores del club, Llorente llamó la atención tanto por su físico como por sus dotes técnicas. En la temporada 2003-2004 fue incorporado al [[Club Deportivo Baskonia|Baskonia]], segundo filial del Athletic. Con 18 años, marcó 12 goles en 33 partidos.
