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Posteriormente, el [[Tribunal Supremo de España|Tribunal Supremo]] admitió a trámite una querella contra Baltasar Garzón por [[Prevaricato|prevaricación]] al declararse competente en la investigación de los [[Represión franquista|crímenes de la Guerra Civil y el franquismo]], presentada como [[acusación popular]] por las organizaciones de ultraderecha [[Manos Limpias (España)|Manos Limpias]] —presidida por [[Miguel Bernad Remón]], ex dirigente del partido de extrema derecha [[Fuerza Nueva]]— y [[Falange Española de las JONS]], esta última supuestamente implicada directamente por Garzón en los crímenes que se pretenden estudiar.<ref name=autovarela>{{cita publicación|publicación=Auto de fecha 26 de mayo de 2009 la Sala Segunda del Tribunal Supremo por el que se admite a trámite la querella interpuesta por el denominado ‘Sindicato de Funcionarios Manos Limpias’ contra D. Baltasar Garzón Real por el supuesto delito de prevaricación|autor=[[Tribunal Supremo de España|Tribunal Supremo]]. Sala de lo Penal. Magistrado D.Luciano Varela Castro (Instructor)|fecha=3 de febrero de 2010|página=21|formato=PDF|url=http://estaticos.elmundo.es/documentos/2010/02/04/supremogarzon.pdf|título=II. RAZONAMIENTOS JURÍDICOS, punto 2.2, sección D), punto 2º, aptdo. b)|cita=[...] b) determinar como sujetos pasivos del proceso, es decir '''personas eventualmente responsables''', (fundamentos jurídicos sexto y decimotercero): 1º) sujetos probablemente fallecidos integrantes de las sucesivas Juntas Militares en tiempo de guerra y gobiernos sucesivos, y 2º) sujetos que sean identificados como dirigentes de lo que califica como estructuras paramilitares, entre las que señala a la Falange Española, desde el 17 de julio de 1936 a 31 de diciembre de 1951|editorial=Publicado el 04/02/2010 en [[El Mundo|estaticos.elmundo.es]]}}</ref> Desde 1997, Manos Limpias había planteado diecisiete querellas, denuncias y quejas contra Garzón, todas ellas desestimadas.<ref>{{cita web|url=http://www.publico.es/espana/228480/manos/limpias/sindicato/ultra/denuncio/lunnis |título= Manos Limpias, el sindicato ultra que denunció a Los Lunnis|editor=[[Público (España)|Público.es]]|fecha=29 de mayo de 2009|autor=Pardo de Vera, A.}}</ref><ref name="garzón">{{cita web|url=http://es.noticias.yahoo.com/9/20090528/tes-baltasar-garzon-en-el-punto-de-mira-7a47d0e.html|título=Baltasar Garzón, en el punto de mira de Manos Limpias desde 1997|editor=[[Yahoo!|Yahoo! Noticias]]|autor=[[Agencia EFE|EFE]]|fecha = 28 de mayo de 2009|fechaacceso=16 de abril de 2010}}</ref><ref>{{cita web|url=http://www.publico.es/espana/305462|editor=[[Público (España)|Público.es]]|título=El "autoprecedente" del juez Varela|autor=Ekáizer, E.|12 de abril de 2010}}</ref>
El [[Tribunal Supremo de España|Tribunal Supremo], mediante auto del magistrado instructor [[Luciano Varela]] de 7 de abril de 2010, estimó que procedía continuar el procedimiento por el delito de [[prevaricación]] contra Garzón, siendo recurrido dicho auto por el magistrado. <ref>[http://estaticos.elmundo.es/documentos/2010/04/07/auto_garzon.pdf Auto Luciano Varela]</ref> <ref>{{cita web|editor=20minutos|título=Oleada de apoyos al juez Baltasar Garzón tras el anuncio de que será juzgado|autor=[[Agencia EFE|EFE]]|url=http://www.20minutos.es/noticia/672432/0/apoyos/garzon/juicio/|fecha = 8 de abril de 2010|fechaacceso=16 de abril de 2010}}</ref><ref>{{cita web|título=Berzosa cede la Universidad a CCOO y UGT para un acto de apoyo a Garzón|url=http://www.libertaddigital.com/nacional/berzosa-cede-la-universidad-a-ccoo-y-ugt-para-un-acto-de-apoyo-a-garzon-1276389913/|fechaacceso=16 de abril de 2010|fecha=15 de abril de 2010|editor=[[Libertad Digital]]}}</ref><ref>{{cita web|título=Dos asociaciones de memoria histórica apoyan a Garzón|url=http://www.elmundo.es/elmundo/2010/04/12/espana/1271059781.html|fechaacceso=16 de abril de 2010|editor=[[El Mundo|Elmundo.es]]}}</ref>
La magistrada de la [[Audiencia Nacional]] [[Clara Bayarri García|Clara Bayarri]] que, junto a sus compañeros [[José Ricardo de Prada]] y Ramón Sáez, reconoció la competencia de Garzón al instruir el procedimiento por los crímenes del franquismo, publicó en un artículo en el diario [[El País]] el [[22 de abril]] de [[2010]]:<ref>{{cita web|url=http://www.elpais.com/articulo/portada/Discrepo/prevarico/elpepipor/20100422elpepinac_4/Tes/|título=Yo discrepo pero no prevarico|autor=Clara Bayarri|enlaceautor=Clara Bayarri García|editor=[[El País]] (edición impresa)|fecha=22 de abril de 2010|página=11|fechaacceso=22 de abril de 2010}}</ref>
{{cita|«En uso de este derecho, formulamos, otros compañeros y yo, un voto particular [...] por la firme convicción de que la [[Audiencia Nacional]] es la competente para la investigación de los [[delitos de lesa humanidad]] y [[genocidio]] que la sistemática y masiva eliminación de adversarios políticos que se verificó en nuestro país tras la [[Guerra Civil española|Guerra Civil]] constituye. Soy, sí, una discrepante. No estimo por ello que mis compañeros de tribunal sean unos ignorantes o unos prevaricadores: sencillamente, interpretan la ley de modo diferente al mío. Soy una discrepante, sí, pero no soy por ello una grosera ignorante de la legalidad ni una prevaricadora»}}
El 23 de abril de 2010, el magistrado instructor [[Luciano Varela|Varela]] decidió expulsar del proceso contra Garzón a [[Falange Española y de las JONS]],<ref name=expulfalange-abc>{{cita web|url=http://www.abc.es/20100423/nacional-tribunales/supremo-falange-201004231230.html|título=Falange, expulsada del proceso contra Garzón|editor=[[ABC (diario)|abc.es]]|fecha=23 de abril de 2010|fechaacceso=23 de abril de 2010}}</ref> al no atender dicha formación dentro del plazo establecido al requerimiento que el mismo [[Luciano Varela|Varela]] ponía un día antes, en el cual les instaba a que corrigiera el escrito de acusación presentado, al considerar que incumplía "de manera notoria" a las obligaciones procesales, al extenderse en múltiples "valoraciones" y no limitarse a la "descripción" de hechos.<ref name=expulfalange-abc/><ref>{{cita web|url=http://www.elpais.com/articulo/espana/Varela/orienta/Falange/corregir/acusacion/elpepunac/20100422elpepinac_1/Tes|título=Varela orienta a Falange sobre cómo corregir su acusación|autor=Julio M. Lázaro|editor=[[El País|ELPAIS.com]]|fecha=22 de abril de 2010|fechaacceso=23 de abril de 2010}}</ref>
El día 24 de abril, Garzón presentó ante el [[Tribunal Supremo de España|Tribunal Supremo]] un recurso de [[recusación]] contra el magistrado instructor [[Luciano Varela]], acusándole de tener "interés directo en el procedimiento y parcialidad en el mismo" y de haber realizado "una labor más próxima a una asesoría o consejo jurídico" al hacer concedido un plazo, a los querellantes para corregir una serie de defectos de sus escritos de acusación, hecho que definió como "dar oportunidades atípicas y extraprocesales" a una de las partes. En opinión de Garzón, "la intervención del instructor no se encuentra amparada en ningún precepto de la normativa procesal vigente y es manifiestamente ajena a las normas esenciales del procedimiento".<ref>{{cita web|url=http://www.20minutos.es/noticia/687198/0/garzon/varela/recusacion/|título=Garzón recusa a Varela por "parcialidad" en la causa abierta contra él en el Supremo|autor=[[Agencia EFE]]|editor=[[20 minutos]] publicado bajo licencia CC-BY-SA 2.1.|fecha=24 de abril de 2010|fechaacceso=24 de abril de 2010}}</ref> El 3 de mayo, la [[Ministerio Fiscal de España|Fiscalía]] del [[Tribunal Supremo de España|Tribunal Supremo]] presentó un escrito de rechazo a la recusación de [[Luciano Varela]] por parte de Garzón, donde expresaba que era «absolutamente inviable por carecer de fundamentación y justificación alguna», y que, por esta razón, interesaba «la desestimación del incidente de recusación planteado»<ref>{{cita web|url=http://www.larazon.es/noticia/2919-la-fiscalia-rechaza-las-acusaciones-de-garzon-contra-el-juez-varela|autor=Velasco, F.|editor=[[La Razón (España)|La Razón]]|fecha = 4 de mayo de 2010|título=La Fiscalía rechaza las acusaciones de Garzón contra el juez Varela|fechaacceso=4 de mayo de 2010}}</ref>.
El día 6 de Mayo de 2010 el Magistrado instructor de la Sala de lo Penal del [[Tribunal Supremo de España|Tribunal Supremo]] Andrés Martínez Arrieta ha dictado un Auto donde no admite a trámite el recurso de recusación planteada por Garzón y devuelve la causa al Magistrado Varela para que continue con el procedimiento.<ref>[http://estaticos.elmundo.es/documentos/2010/05/07/garzon.pdf Auto de Martínez Arrieta de inadmisión de incidente de recusación ]</ref>. ▼
▲El día 6 de Mayo de 2010 el Magistrado instructor de la Sala de lo Penal del [[Tribunal Supremo de España|Tribunal Supremo]] Andrés Martínez Arrieta ha dictado un Auto donde no admite a trámite el recurso de recusación planteada por Garzón y devuelve la causa al Magistrado Varela para que continue con el procedimiento.<ref>[http://estaticos.elmundo.es/documentos/2010/05/07/garzon.pdf Auto de Martínez Arrieta de inadmisión de incidente de recusación ]</ref>.
{{cita| En los razonamientos Jurídicos del Auto se dice
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