Durante el verano de [[1911]] actuó como diplomático zapatista, tratando de limar las asperezas entre [[Emiliano Zapata]] y [[Francisco I. Madero]]. No lo logró, pero se mantuvo fiel a la causa suriana. En julio de [[1912]], cuando se encontraba desempeñando una comisión política del zapatismo, fue aprehendido y recluido a la penitenciaría del [[Distrito Federal]], donde conoció a [[Francisco Villa]] que también había sido recluido ahí, enseñándole a leer y escribir, así también le explicó el [[Plan de Ayala]] y las ideas del agrarismo zapatista. Durante la lucha contra [[Victoriano Huerta]], en [[1913]] y [[1914]], fue comisionado para negociar con los jefes constitucionalistas norteños el [[Plan de Ayala]], siendo Gilbardo Magaña y Rafael M Pedrajo dosun elementoselemento clavesclave en la unión entre [[Francisco Villa]] y [[Emiliano Zapata]]y Martìn Castrejòn. En octubre de [[1914]] fue delegado de [[Emiliano Zapata]] a la [[Convención de Aguascalientes]], como integrante de la comisión del [[Ejército Libertador del Sur]]. Del [[13 de marzo]] al [[10 de junio]] de [[1915]], durante el gobierno de [[Roque González Garza]] fue nombrado gobernador del [[Distrito Federal]]. Del [[2 de marzo]] al [[5 de abril]] de [[1916]] fungió como ministro de gobernación en el Consejo de Gobierno de la [[Convención de Aguascalientes]]. En noviembre de [[1916]] fue uno de los fundadores del centro de Consulta para la Propaganda y la Unificación Revolucionaria, establecido para orientar a los pueblos vecinos sobre los principios del zapatismo. Desde [[1917]] fungió como jefe del Cuartel General de [[Tochimilco]], [[Puebla]], desde el cual trató de establecer alianzas con los otros movimientos revolucionarios y ganar simpatizadores, con el fin de hacer la causa zapatista una lucha nacional. En septiembre de [[1917]] fue ascendido a [[general de brigada]], y al mando de sus fuerzas continuó combatiendo al gobierno carrancista en la zona limítrofe de los estados de [[Puebla]] y [[Morelos]]. Tras la muerte de [[Emiliano Zapata]] en abril de [[1919]], Magaña trató de mantener la organización del [[Ejército Libertador del Sur]], para lo cual buscó reorientar y dominar políticamente a los jefes campesinos. El [[4 de septiembre]] de [[1919]] fue electo sucesor de Zapata entre los cinco candidatos que se presentaron a la consideración de los principales jefes: en la terna estuvieron [[Maurilio Mejía]], [[Genovevo de la O]], [[Jesús Capistrán Yañez]], [[Timoteo Sánchez]] y por supuesto Gilbardo Magaña Cerda, que fue el único que era ajeno al origen del campo morelense. En dicha junta firmaron un manifiesto declarando a Magaña jefe del [[Ejército Libertador del Sur]] y llamando a los revolucionarios a continuar la lucha en defensa de los postulados del [[Plan de Ayala]].
