Diferencia entre revisiones de «ADN-B»
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- La hidratación de los [[Polaridad (química)|grupos polares]] del esqueleto azúcar-fosfato con el entorno acuoso.
== Parámetros ==
[[Archivo:Levo dextro.png|thumb|Doble hélice: a) Dextrógira, b) Levógira.]]
El sentido de la hélice es a derechas, esto es, cada una de las cadenas de nucleótidos gira a derechas: la doble hélice es una espiral [[dextrógira]]. Esto puede verificarse si nos fijamos, yendo de abajo a arriba, en la dirección que siguen los segmentos de las hebras que quedan en primer plano. Si las dos hebras giran a derechas se dice que la doble hélice es dextrógira, y si giran a izquierdas, levógira.
El ADN-B tiene una estructura monótona, es decir, por cada vuelta completa o paso de rosca de la hélice hay el mismo número de pares de bases, que son 10,4. La distancia entre pares de bases es de 0,34 nm y la vuelta completa mide 3,54 nm.
La rotación por residuo (o "twist" en inglés) es el ángulo formado entre el plano de dos pares de bases consecutivos y es de un promedio de 34,6º; la inclinación por par de bases (o "tilt" en inglés) es el ángulo que formaría una línea que atravesara un par de bases respecto de la horizontal; el balanceo (o "roll") es el ángulo formado por una línea que pasara a través de dos pares de bases consecutivos; el alabeo (o "propellor twist") es el ángulo formado por el plano de una de las bases del par de bases respecto al plano de la otra (cada par de bases no siempre está en el mismo plano exacto).
=== Plegamiento del azúcar ===
[[Archivo:Plegamiento ribosa.jpg|thumb|150px|Diferentes plegamientos en la ribosa.]]
Tanto la [[ribosa]] como la desoxiribosa forman un anillo de 5 [[átomo]]s que no están en el mismo plano: esto es debido a que de lo contrario las nubes de electrones se solaparían. De esta forma, uno o más átomos de [[carbono]] siempre quedan por fuera del plano en el que se encuentran los demás. Así, el azúcar puede presentar forma de sobre o forma E de "Enveloppe" cuando uno de los carbonos queda por fuera del plano, o forma de media silla o forma T de "Twist" cuando dos de los carbonos quedan por fuera del plano y en lados opuestos. Además, para cada uno de estos carbonos la conformación puede ser "endo", si el carbono está dirigido hacia donde lo está el carbono 5', o "exo", si está dirigido hacia el lado opuesto. Los únicos carbonos que pueden dar lugar a estos plegamientos son los carbonos 2' y 3'.
En el ADN-B la conformación que adopta el azúcar es E C2'-endo.
=== Enlaces con libertad de giro ===
[[Archivo:B&Z&A DNA formula.jpg|thumb|left|250px|Conformación syn de los residuos de purina en el [[ADN-Z]]. Los puntos amarillos representan el eje de la hélice en el [[ADN-A]], ADN-B y ADN-Z.]]
Tanto el [[enlace glucosídico]] como el enlace entre los carbonos 4' y 5' del azúcar presentan libertad de giro, lo que da lugar también a diferentes conformaciones. En el caso del enlace N-glucosídico puede aprecer la conformación "anti" si la parte más voluminosa de la base queda alejada del azúcar, o la conformación "syn" si el plano de la base nitrogenada está dirigido hacia el azúcar. La conformación "anti" es más estable que la conformación "syn".
En el caso del enlace C4'-C5' del azúcar, puede darse tres conformaciones en relación a la posición del [[oxígeno]] del C5' (O5') respecto de los enlaces C4'-O4' y C4'-C3'. Para la nomenclatura se tiene en cuenta los ángulos que se forman entre O5' y C4' y entre O5' y C3', de forma que si el ángulo es de 60º se dice que es "gauche", y "trans" si es de 180º. Como se tienen en cuenta dos ángulos, las conformaciones que pueden darse son "sinclinal +" si los ángulos son gauche-gauche, "antiperiplanar" si son gauche-trans y "sinclinal -" si son trans-gauche.
El ADN-B presenta conformación anti para el enlace N-glucosídico de todas las bases y conformación sinclinal + para el enlace C4'-C5'.
== Comparación entre ADN-A, ADN-B y ADN-Z ==
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