En el canal tuvo lugar un incidente militar reconocido solo en el Ecuador como el '''Combate Naval de Jambeli''', entre el cañonero ecuatoriano "''Abdón Calderón''" y el destructor peruano "''Almirante Villar''". El incidente se produjo durante la guerra habida entre aquel país y el [[Perú]] en [[1941]]. En el canal combatieron estos buques durante un corto tiempo hasta que, por una estrategia del capitán ecuatoriano Rafael Moran Valverde, el "Abdón Calderón" forzó la huida del "Almirante Villar" hacia aguas peruanas.
Por otro lado, el "''Almirante Villar''", tuvo que ser reparado en Perú después del combate pero tras ser reparado continuó sus operaciones ininterrumpidamente en el Teatro de Operaciones Norte hasta el mes de octubre de ese año. En cambio, el "''Abdón Calderón''" sufrió algunos daños en su caldera, al huir después de aplicar su estrategia y ocultarse tras la densa vegetación existente en el Canal de Jambelí y estero de Santa Rosa.
Este hecho fue visto en Ecuador como una hazaña de guerra y el capitán Rafael Morán Valverde fue condecorado como héroe nacional, mientras que en Perú se lo vió como una "astucia" del buque ecuatoriano ya que dijeron que el Abdón Calderón huyó después de atacar.
