Es internacional con la [[Selección de fútbol de Japón]]. En el Mundial de Sudafrica de 2010, se consolidó como una de las revelaciones del torneo tras pasar a octavos de final con una buena actuacion suya ante Dinamarca en el últimoultimo partido de la fase de grupos, en el que se jugaban el pase a la siguiente ronda. El resultado final fue de 3-1 y él marcó el primer gol de falta directa y dio la asistencia al ultimo tras una espectacular jugada individual.
Japón fue eliminadoeliminada en los penaltis en octavos de final por Paraguay, ganando esta última 5-3 habiendo sido Komano el que erró su lanzamiento, estrellándolo en el larguero.
Durante este último partido de Japón en Sudáfrica 2010, Honda corrió como ninguno. Le faltaron tan sólo 5 metros para llegar a los 13 kilómetros, hizo 3 remates al arco, de los 39 pases que ejecutó, 18 fueron recepcionados por alguno de sus compañeros y realizó espléndidamente el cuarto penal de su equipo en los momentos de mayor tensión. Por todo esto, Keisuke Honda fue elegido por la FIFA como el mejor jugador del partido Japón VS. Paraguay.
