[[Archivo:021018 bali bombing.jpg|thumbnail|Banderas nacionales en el sitio del atentado terrorista de 2002 en Kuta, Bali.]]
El gobierno de Indonesia ha trabajado con otros países para aprehenderaprender y enjuiciar a los autores de [[Terrorismo|atentados terroristas]], principalmente los vinculados a militantes del [[Islamismo]] y [[Al-Qaeda]].<ref>{{cita web |url= http://www.aph.gov.au/library/pubs/CIB/2001-02/02cib06.htm|título= Terrorism (Current Issues Brief 6 2001-02)|fechaacceso=27 de noviembre de 2009|autor= Chris Wilson|fecha= 2001|obra= APH.gov.au|idioma= inglés}}</ref><ref>{{cita web |url= http://www.cdi.org/terrorism/priority.cfm|título= Priority Dilemmas: U.S. - Indonesia Military Relations in the Anti Terror War|fechaacceso=27 de noviembre de 2009|autor= Reykio Huang|fecha= 2002|obra= CDI.org|idioma= inglés}}</ref> El atentado terrorista [[Atentados de Bali de 2002|más mortífero]] en el país ocurrió en 2002, en el complejo turístico de Kuta, en la ciudad de [[Bali]], con un total de 202 muertos (incluyendo 164 turistas internacionales).<ref>{{cita web |url= http://www.theage.com.au/news/war-on-terror/services-to-honour-victims-of-2002-bali-bombing/2005/10/12/1128796537208.html|título= Services to honour victims of 2002 Bali bombing - War on Terror|fechaacceso= 27 de noviembre de 2009|autor= AAP|fecha= 2005|obra= The Age.com.au|idioma= inglés}}</ref> Los ataques y las advertencias de viaje posteriores por parte de otros países, dañaron gravemente la industria del [[turismo]] y las perspectivas de los inversionistas extranjeros.<ref>{{cita web |url= http://www.usembassyjakarta.org/news/trv_warning02.html|título= Travel Warning: Indonesia|fechaacceso= 27 de noviembre de 2009|autor= Embajada de Estados Unidos en Yakarta|fecha= 2007|obra= US Emassy Jakarta.org|idioma= inglés}}</ref>
Las [[fuerzas armadas]] de Indonesia (TNI) constan de 300.000 miembros, que incluyen el [[ejército]] (TNI–AD), la [[marina de guerra]] (TNI–AL) y la [[fuerza aérea]] (TNI–AU).<ref>{{cita web |url= http://edition.cnn.com/2002/WORLD/asiapcf/southeast/07/05/indonesia.sutarto/index.html|título= Indonesia military regains ground|fechaacceso= 27 de noviembre de 2009|autor= Amy Chew|fecha= 2002|obra= CNN.com|idioma= inglés}}</ref> El ejército tiene un personal activo de alrededor de 233.000 elementos. En 2006, el gasto en la defensa del país fue del 4% del PIB y controvertidamente se complementa con ingresos procedentes de compañías comerciales y fundaciones.<ref>{{cita web |url= http://www.etan.org/et2005/may/22/19susilo.htm|título= Susilo Approves Additional Military Funding|fechaacceso= 27 de noviembre de 2009|autor= Rendi A. Witular|fecha= 2005|obra= The Jakarta Post|idioma= inglés}}</ref> Una de las reformas tras la renuncia de Suharto en 1998 fue la eliminación de la representación formal del TNI en el poder legislativo; sin embargo, su influencia política sigue siendo amplia.<ref>Friend, pp. 473–475, 484</ref>
