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Los organismos de dos reinos completos de la clasificación moderna son estudiados por los botánicos: las plantas (reino [[Plantae]]); y los hongos (reino [[Fungi]], incluyendo los líquenes).
También son materia para la [[Botánica]] los organismos llamados «[[alga]]s», fotosintetizadores acuáticos muy heterogéneos que se clasifican casi en su totalidad en el actual reino protistas ([[Protista]]). También algunos grupos de ''[[Protista]]'' como los [[Oomycota|oomicetes]] que, por [[convergencia (biología)|convergencia]], han desarrollado características típicas de los hongos.
Otros grupos de organismos, como los procariontes, incluidas las [[bacteria]]s, han sido estudiados por los botánicos a la vez que por los [[Microbiología|microbiólogos]]. Los “[[hongos mucosos]]” son un grupo heterogéneo, algunos de cuyos miembros han sido objeto de estudio tanto para los botánicos (con el nombre ''[[mixomicetes]]'') como para los zoólogos (con el nombre ''mixozoos'').
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