Cuando se instauróinstauré el campeonato en 1940, fue concebido para que lo disputaran por los segundos clasificados de cada uno de los cinco grupos que formaban la [[Segunda División de España 1939/40|Segunda división en la temporada 1039/40]] (ya que los campeones de cada grupo se clasificaban para la fase final que otorgaba el título de campeón y el derecho a ascenso directo y promoción de ascenso)<ref>{{cita web |url=http://hemeroteca.elmundodeportivo.es/preview/1940/03/13/pagina-2/663323/pdf.html |título=Una Copa del Presidente de la Federación Española |fechaacceso=20 de marzo de 1940 |apellido=[[El Mundo Deportivo]] |nombre= |enlaceautor= |formato= |obra= |editor= |editorial= |ubicación= |idioma= |cita= }}</ref>. Esta primera edición fue conquistada por el [[Club Deportivo Malacitano]], sobre los equipos de [[Atlético Osasuna|Osasuna]], [[CE Sabadell|Sabadell]], [[Recreativo Granada]] y [[Agrupación Deportiva Ferroviaria|Ferroviaria]].
En [[1941]] cambió de formato para sustituir a un torneo previsto entre los cuatro primeros equipos clasificados de las ligas española y portuguesa y que fue anulado en el último momento por la decisión de la [[Federación Portuguesa de Fútbol]]. Para cubrir dichas fechas la [[RFEF|Federación Española]] decidióorganizó queeste torneo en esteel torneoque tomarantomaron parte los cuatro primeros clasificados en [[Primera división de España]]: el [[Atlético Aviación]], actual Atlético de Madrid como campeón; el [[Athletic Club|Atlético de Bilbao]], actual Athletic Club como subcampeón; el [[Valencia CF]] y el [[FC Barcelona|Barcelona CF]] como tercer y cuarto en liga. Se jugó en forma de liguilla entre el 6 de [[abril]] y el 4 de [[mayo]] de 1941, pero quedó pendiente un último encuentro que era decisivo para la clasificación final, el Atlético Aviación-Valencia. Diversas circunstancias lo hicieron retrasarse hasta el 14 de [[septiembre]] de [[1947]], consiguiendo la victoria el equipo rojiblanco de [[Madrid]] por un contundente '''4-0''', ganando así el trofeo, con un total de 8 puntos, uno mas que el [[Valencia CF|Valencia]], que fue subcampeón.
La Copa Presidente de la Federación Española de Fútbol tiene el récord de duración de un torneo con mas de seis años y cinco meses desde el primer partido que se disputó el 6 de abril de 1941, hasta el último el 14 de septiembre de 1947, siendo esta la única edición disputada.<ref>{{cita web |url=http://rinconatletico.blogspot.com/2006/12/historia-del-atleti-cap5-la-delantera.html |título=La Delantera de Seda (1947-1948) |fechaacceso=18 de agosto de 2010 |apellido= |nombre= |enlaceautor= |formato= |obra= |editor= |editorial= |ubicación= |idioma= |cita= }}</ref>
