En 1989 fue duramente criticado cuando supuestamente apoyó mediante declaraciones la [[fatwa]] o pronunciamiento jurídico del [[ayatollah]] [[Ruhollah Jomeini]] contra el escritor anglo-indio [[Salman Rushdie]], debido a la presunta blasfemia cometida en su novela ''[[Los versos satánicos]]''. Más tarde aseguró que que había sido tomado por sorpresa y que los medios, de una manera tendenciosa, desnaturalizaron el sentido de sus palabras. Días después hizo un comunicado donde dejaba muy claro que, aunque detestaba el contenido del libro, no estaba de acuerdo con la fatwa, diciendo: "Según la ley del islam, los musulmanes deben ceñirse a las leyes de los países donde tengan residencia".<ref name="MountainFAQ">{{cite web|url=http://www.mountainoflight.co.uk/talks_cw.html#20|archiveurl=https://web.archive.org/web/20111004154204/http://www.mountainoflight.co.uk/talks_cw.html#18|archivedate=4 de octubre de 2011|work=Chinese Whiskers-FAQs|title=Yusuf Islam Wants to See Salman Rushdie Burnt, Right?|publisher=Mountain of Light|accessdate=1 de noviembre de 2014}}</ref>
