Iniciado futbolísticamente en las divisiones inferiores de [[Club Atlético San Lorenzo de Almagro|San Lorenzo]], Pernía debutó profesionalmente en el año [[1997]], pero fichado ya por el [[Club Atlético Independiente|Independiente]], donde comenzaría a forjar su carrera deportiva como lateral izquierdo. En este equipo jugaría hasta el año [[2004]], siendo transferido hacia el [[Recreativo de Huelva]] español, dando así inicio a su carrera en [[Europa]]. Con este equipo, Pernía alcanza la fase final de la [[Copa_del_Rey_de_fútbol_2004-05|Copa del Rey]] de esa temporada, donde es eliminado en la primera ronda por el [[Sevilla Fútbol Club|Sevila FC]]. Tras el descenso del Recreativo en la temporada 2005-2006, es transferido al [[Getafe Club de Fútbol|Getafe]], donde consigue afianzarse como jugador, además de convertirse en el defensor con mayor cantidad de goles desde [[Ronald Koeman]], principalmente por sus goles de tiro libre. En esta entidad además de convertirse en una de sus principales figuras, tendría un importante ofrecimiento al ser convocado para integrar la [[Selección de fútbol de España]] que participaría de la [[Copa_Mundial_de_Fútbol_de_2006|Copa Mundial de Alemania 2006]]. En dicho torneo, Pernía y la [[Selección de fútbol de España|Selección Española]] alcanzarían los octavos de final, siendo eliminados por la [[Selección de fútbol de Francia|selección francesa]]. Tras dos años de jugar para el Getafe, finalmente es transferido en el año [[2007]] al [[Atlético de Madrid|Atlético Madrid]], donde no tendría el brillo que exhibiera en su anterior club, a la vez de haber sufrido un duro accidente de tránsito en el año [[2009]]. Su baja producción fue motivo para que en el año [[2010]] decida la rescisión de su contrato, pasando luego a fichar para el [[Club Nacional de Fútbol|Nacional]] de la [[Primera División de Uruguay|Primera División Uruguaya]].<ref>[http://www.clubindependiente.org/idolos/mariano-pernia.php Trayectoria de Mariano Pernia - CLub Atlético Independiente Oficial]</ref> En enero de 2011 fichó por club [[Argentina|argentino]] [[Club Atlético Tigre|Tigre]], club con el cual se retiró del fútbol profesional.<ref>{{cita noticia |título=Pernía para el lateral izquierdo de Tigre |url=http://www.larazon.com.ar/deportes/Pernia-lateral-izquierdo-Tigre_0_203100019.html |editorial=La Razón (Argentina) |fecha=10 de enero de 2011 |fechaacceso=11 de enero de 2011 }}</ref>
