Localizada a mitad de la isla sobre la playa del sur de las islas montalosasmontañosas de Saint Thomas, Charlotte Amalie se extiende cerca de 1.,5 millas alrededor de la Bahía de Saint Thomas del distrito de Havensight donde los cruceros atracan en la tierra del este a Frechtown y a la Sub-Base, barrios del oeste. Las paredes rojas del Danish Fort Christian (Fuerte danés Christian) que se abre espacio hacia Emancipación Garden (Jardín de la Emancipación) y al Vendor Market que son el centro de la ciudad vieja. Muchos de los edificios históricos de la ciudad tienen negocios en sus pendientes de Government Hill (Colina del Gobierno) solo al norte del Emancipación Garden. Este ees "Kongest Quarter". Hacia el oeste, abarcando el área entre Waterfront Dr y Dronningers Gade (Calle principal), donde existen grupos de callejones, cada uno de ellos con construcciones coloniales en donde existen tiendas y centros comerciales. Protegidos por los picos de Water Island y Hassel Island, Saint Thomas Harbor lo que le dáda su profunidadprofundidad en la isla. La bahía tiene varios sitios paradesde los que puede ser observada hasta una altura de 15001.500 pies, incluyenodocomo por ejemplo Drake's Seat. (Asiento de Drake).
Charlotte Amalie está construida en tres espuelas volcánicas de baja altura llamada Frenchman Hill (Foretop Hill), Berg Hill (Maintop) y Goverment Hill (Mizzentop). Está localizada en las coordenadas 18°21 grados norte y 64°57 oeste.
