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[[Archivo:Mousehoxgenes.png|thumb|Genes HOX en ratones]]
Desde hace mucho tiempo los historiadores de la ciencia han señalado que una de las principales disciplinas biológicas, la [[biología del desarrollo]] (antes llamada [[embriología]]), no formó parte de la síntesis evolutiva, aunque esta rama de la biología fue discutida en detalle por Darwin. Ernst Mayr en su ensayo ''What was the evolutionary synthesis?'' («Qué fue la síntesis evolutiva?»)<ref name=Mayr93/> describió que varios de los embriólogos del período en que se estaba construyendo la síntesis moderna tenían una postura contraria a la teoría evolutiva y señaló que: {{cita|«Los representantes de algunas disciplinas biológicas, por ejemplo, de la biología del desarrollo, ofrecieron una fuerte resistencia a la síntesis. No fueronse les dejadosdejó afuerafuera de la síntesis, como algunos de ellos ahora reclaman, simplemente no querían unirse».}} En las dos últimas décadas, sin embargo, esa falta se participación de la embriología dentro de la teoría sintética ha sido subsanada. De hecho, la biología del desarrollo y la biología evolutiva se han unido para formar una nueva rama de la investigación biológica llamada [[Biología evolutiva del desarrollo]] o, coloquialmente, «Evo-devo», que explora el modo en quecómo han evolucionado los procesos del desarrollo y cómo, enha últimasurgido instancia,la se han logrado los planes de desarrolloorganización de las diversas partes del cuerpo de los organismos del pasadoantiguos y de los organismos actuales.<ref name="Hall99">Hall, B. K. (1999) ''Evolutionary developmental biology''. Kluwer Academic, Dordrecht. ISBN 0-412-27550-3</ref>
 
El factorprincipal más importantedescubrimiento responsable de la síntesisintegración de la biología del desarrollo con la teoría de la evolución fue el descubrimiento de un grupo de [[gen regulador|genes reguladores]], llamadola familia de [[genes homeóticos]] ([[genes HOX]]). Estos genes codifican proteínas de unión al [[ADN]] ([[factor de transcripción|factores de transcripción]]) que influyen profundamente en el [[desarrollo embrionario]].<ref name=Arthur02/> Por ejemplo, la supresión de las extremidades abdominales de los [[insecto]]s está determinada por los cambios funcionales en una proteína llamada Ultrabithorax, que es codificada por un gen Hox.<ref>Ronshaugen, M., McGinnis, N., McGinnis, W. (2002) Hox protein mutation and macroevolution of the insect body plan. ''Nature'' 415:914-917.</ref> Es importante destacar que laLa familia de genes Hox ha sido identificadaexiste en los [[artrópodos]] (insectos, [[crustáceo]]s, [[quelicerado]]s, [[miriápodo]]s), [[cordado]]s ([[peces]], [[Amphibia|anfibio]]s, [[reptil]]es, [[aves]], [[mamíferos]]), y hay análogos entre las especies de [[planta]]s y [[hongo]]s.<ref name=Arthur02>Arthur, W. (2002) [http://www.hss.caltech.edu/~steve/files/arthur.pdf The emerging conceptual framework of evolutionary developmental biology.] ''Nature'' 415:757-764.</ref>
Los genes HOX desempeñan un papel muy importanteinfluyen en la [[morfogénesis]] de los embriones de los [[vertebrado]]s, yaal que[[Expresión proveengénica|expresarse]] en informacióndiferentes regionalregiones a lo largo del eje anteroposterior del cuerpo. Esta familia de genes es [[homología (biología)|homóloga]] tanto funcional como estructuralmente al complejo homeótico (HOM-C) de ''[[Drosophila melanogaster]]''. Sobre la base de la comparación de genes de varios taxones, se ha logrado reconstruir la evolución de los grupos de genes HOX en vertebrados. Los 39 genes que comprenden la familia de genes HOX en humanos y ratones, por ejemplo, están organizados en cuatro complejos genómicos localizados en diferentes cromosomas, HOXA en el brazo corto del [[cromosoma 7]], HOXB en el [[cromosoma 17|17]], HOXC en el [[cromosoma 12|12]] y HOXD en el [[cromosoma 2|2]], y cada uno de ellos comprende de 9 a 11 [[gen]]es acomodados en una secuencia homóloga a la que tienen en el genoma de ''D. melanogaster''.<ref>Daumas Nunes y cols., 2003. [http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S1517-74912003000100018&script=sci_arttext&tlng=en Homeobox genes: a molecular link between development and cancer]. ''Pesqui. Odontol. Bras.'' vol.17 no.1 São Paulo Jan./Mar</ref>
Aunque el ancestro común del ratón y del humano vivió hace alrededor de 75&nbsp;millones de años, la distribución y arquitectura de sus genes HOX son idénticas.<ref name=Meyer98/> Por lo tanto, la familia de genes HOX es muy antigua y aparentemente muy conservada, lo que tiene profundas implicaciones para la evolución de los patrones y procesos de desarrollo.<ref name=Meyer98>Meyer, A. (1998) [http://www.evolutionsbiologie.uni-konstanz.de/pdf1-182/P077.pdf Hox gene variation and evolution.] ''Nature'' 391: 225-228.</ref><ref name=Hall99/><ref name=Arthur02/>