Colom estiró su buen momento hasta [[abril]], mes en el que quedó segundo en la general de la [[Vuelta al País Vasco 2009|Vuelta al País Vasco]], sólo superado por Contador.
El [[9 de junio]] de [[2009]], traslos unmedios resultadode anómalocomunicación informaron de que el corredor había dado positivo por EPO en un análisiscontrol antidopaje deciderealizado ponerfuera finde acompetición suel carrera2 comode ciclistaabril ade losese 31mismo añosaño<ref>{{cita web|url=https://www.diariosur.es/20090609/deportes/mas-deportes/toni-colom-positivo-200906092138.html}}</ref>. El corredorciclista, fueque suspendidonegó doslas añosacusaciones pory haberdenunció dado"muchas positivoincongruencias" poren EPOsu caso<ref>{{cita web|url=https://www.marca.com/2009/06/09/ciclismo/1244577235.html}}</ref>, fue suspendido dos años<ref>{{cita web|url=https://www.marca.com/2010/05/27/ciclismo/1274976056.html}}</ref>. Puso entonces fin a su carrera deportiva. Tenía 31 años.
