Las excavaciones se iniciaron en 1989 y han estado a cargo del arqueólogo estadounidense [[Richard D. Hansen]] de Idaho State University en conjunto con científicos guatemaltecos.<ref name=sharer210/>
Las estructuras más antiguas del sitio son unas plataformas residenciales del 1000 ACa. C. El campo de pelota entre otras estructuras es del año 800 a. C.; uno de los más antiguos científicamente fechado de [[Mesoamérica]]. Las Pirámides Triádicas, adornadas con mascarones de [[estuco]] flanqueando escalinatas y tres templetes en su cúspide, típicas del Preclásico son de las mayores después de las de [[El Mirador]]. NakbeNakbé está distribuido en un eje este-oeste y está compuesto de dos grandes grupos arquitectónicos. La «Estela 1», localizada en el Grupo Oriental ha sido fechada estilísticamente para el 400 a. C. Hubo una reocupación alrededor del 550 d. C. de una parte del sitio, y es la única fuente conocida de la fina [[Cerámica]] tipo [[Códice]] del Clásico tardío ca. 700 d. C. Se han encontrado complejos sistemas de irrigación en la parte sur del asentamiento. Existen también numerosas canteras de extracción de piedra caliza utilizada en las construcciones y monumentos de Nakbé desde épocas muy tempranas.
