Allen creció en estado de [[Kansas]], Estados Unidos.<ref>{{cite web |url=http://www.hayspost.com/2014/01/16/hays-native-named-religion-editor-for-boston-globe/ |title=Hays native named religion editor for Boston Globe |last1=Kiser |first1=Becky |date=January 16, de enero de 2014 |website=hayspost.com |publisher=The Hays Post |access-date=September 24, de septiembre de 2016 |archive-url=https://web.archive.org/web/20181201135905/https://www.hayspost.com/2014/01/16/hays-native-named-religion-editor-for-boston-globe/ |archive-date=December 1, de diciembre de 2018}}</ref> Cursó el colegio en el Thomas More Prep-Marian, administrado por la orden de los [[Fraile capuchino|franciscanos capuchinos]].<ref>{{cite web |url=http://tmp-m.org/history/ |title=History |website=tmp-m.org |publisher=Thomas More Prep-Marian |access-date=September 24, de septiembre de 2016}}</ref><ref>{{cite news | url=http://www.nationalcatholicreporter.org/word/word090806.htm#six|title=Capuchins elect brother to Rome post |date=September 8, de septiembre de 2006 |accessdate=August 8, de agosto de 2009 | work=[[National Catholic Reporter]]|quote=It is no secret to regular readers of this column that I have a special affection for the Capuchins, who had the Christian charity to put up with me in grade school and high school in Hays, Kansas in the late 1970s and early 1980s.}}</ref> Hizo un máster en estudios sobre religión en la [[Universidad de Kansas]].
Allen entró a trabajar en el ''[[National Catholic Reporter]]'' en agosto de 1997. Durante los sucesos del fallecimiento del papa [[Juan Pablo II]], Allen apareció frecuentemente en la cadena de televisión CNN. En la actualidad es [[vaticanista]] para CNN y NPR. Además fue comentarista de las noticias del Vaticano.
En 2014 empezó a trabajar en ''[[The Boston Globe]]'' como editor asociado para lanzar su nuevo periódico especializado en información católica ''[[Crux (periódico)|Crux]]''.<ref>{{cite news|last=Coday|first=Dennis|title=John Allen to cover Catholicism, the Vatican for Boston Globe|url=http://ncronline.org/blogs/ncr-today/john-allen-cover-catholicism-vatican-boston-globe|accessdate=January 10, de enero de 2014|newspaper=National Catholic Reporter|date=January 7, de enero de 2014}}</ref> en 2016, el ''Globe'' transfirió la propiedad del proyecto por motivos económicos de manera que pasó a ser totalmente independiente. En ese momento en ''Crux'' estaban Allen, [[Inés San Martín]] y Shannon Levitt. Con Allen como editor el periódico pasó a tener el apoyo económico de los [[Caballeros de Colón]].<ref>{{cite web |url=http://www.niemanlab.org/2016/03/cruxs-corporate-resurrection-how-the-catholic-news-site-will-live-on-beyond-the-boston-globe/ |title=Crux's "corporate resurrection": How the Catholic news site will live on beyond The Boston Globe |last1=Owen |first1=Laura Hazard |date=March 24, de marzo de 2016 |website=neimanlab.org |publisher=Neiman Lab |access-date=September 24, de septiembre de 2016}}</ref>
