''Pompeya'' y ''Jerusalén'' siguen los pasos del cartógrafo escocés Adrian Blake, quien [[Viaje a través del tiempo|viaja a través del tiempo]] en busca de su prometida Sophia. Después de los acontecimientos del primer videojuego, Adrian despiertarecobra la consciencia en la región adyacente a [[Jerusalén]] en 1552 y auxilia a un enviado de la [[Sublime Puerta]], quien en gratitud lo introduce en la ciudad como su secretario. Allí, el gobernador otomano solicita la ayuda de ambos para recabar pistas sobre la persona que, durante la noche anterior, irrumpió en su palacio y se llevó consigo a su hija y una reliquia de valor inestimable, la daga del patriarca [[Abraham]]. Queda entonces encomendada a Adrian Blake la tarea de investigar el paradero de la hija del gobernador y el objeto sagrado, cuyo hallazgo durante unas obras en las [[murallas de Jerusalén]] había enrarecido la convivencia pacífica entre las comunidades [[Judaísmo|judía]], [[Cristianismo|cristiana]] y [[Islam|musulmana]] en la ciudad santa.<ref name="moby"/>
