La última polémica alrededor de Beloki se produjo en el invierno de [[2004]], ya que en una sorprendente operación, el ciclista guipuzcoano decidió volver junto a su antiguo director Manolo Saiz (ahora en el equipo Liberty Seguros-Würth), pagando de su bolsillo la cláusula de rescisión de su contrato con Saunier Duval.
Empezó el año 2005 nuevamente con grandes expectativas, con el [[Giro de Italia]], el Tour de Francia y la Vuelta a España en el calendario. Pero tras los primeros meses de competición Beloki seguía sin poder completar una sola carrera entre los primeros clasificados: las consecuencias de la caída en el Tour 2003 siguenseguían haciendo mella en su rendimiento, quizás no tanto por los daños físicos sino por problemas psicológicos. Así pues fue incapaz de terminar el Giro, pero pese a ello Manolo Saíz lo incluye en el equipo del Liberty para el Tour de Francia, volviéndo así a reencontrarse con la carrera que trunco su progresión. Durante los primeros días Joseba logra mantenrse en los primeros puestos de la clasificación pero cuando llegan las etapas de montaña acusa su falta de forma y tiene que apelar a su fuerza de voluntad para lograr acabar el Tour en una discreta posición. En la Vuelta, se cae en el prólogo, reviviendo así viejos fantasmas, pero por fortuna la caída esta vez no tiene consecuencias graves y puede continuar. En las siguientes etapas vemos a un Joseba bastante recuperado, trabajando como gregario para Roberto Heras y mostrando su mejor forma en los últimos años. Su aceptable Vuelta le hacen ser optimista de cara a 2006, donde irá al Tour en principio para ayudar a Vinokourov, pero con la esperanza de volver por fin a su nivel de 2003.
