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Estudió durante varios años en la "Boston Latin School" hasta graduarse en el año [[1865]] en la Universidad de Harvard. Fue profesor de física en el Instituto Tecnológico de Massachussetts ([[1867]]).
 
Nombrado director del Observatorio de Harvard, se dedicó a la fotografía y más especialmente, al estudio de los espectros estelares. Gracias a la inmensa colección de espectros que había dejado [[Henry Draper]] pudo iniciar, ampliar y completar una colección de espectrogramas que más adelante darían origen a la clasificación espectral gracias a al ayuda económica de la fundación "Henry HarperDraper Memorial". Con este dinero pudo financiar su ambicioso proyecto, para el cual contrató a buen número de mujeres especializadas en el tema: [[Williamina Fleming]], [[Antonia Maury]], [[Annie Jump Cannon]] o [[Henrietta Swan Leavitt]] entre otras, grupo femenino que fue conocido (en broma) por la comunidad científica como el ''Harén de Pickering''. Prácticamente todas ellas hicieron grandes descubrimientos y aportaciones astronómicas.
 
[[Hermann Carl Vogel]] y él, conjuntamente, descubrieron las primeras estrellas binarias espectroscópicas en [[1889]]; en colaboración con Olcott fundó ([[1911]]) la ''Asociación Estadounidense de Observadores de Estrellas Variables'' ([[AAVSO]]), entidad que todavía continúa en activo. Entre [[1879]] y [[1881]] realizó estudios para determinar la magnitud de los astros, especialmente los satélites planetarios y los asteroides más brillantes.