Desde [[1999]], el gobierno ha venido deteniendo el proceso de invasión de la zona y procura desde entonces salvar el reducto que sobrevive de la laguna original.
En [[2006]] el gobierno de Colombia declaró la emergencia ambiental en la laguna de Fúquene, para atender la emergencia deocasionada al inundarse 2000 ha inundadasaledañas. Por el desbordamiento resultaron afectados los municipios de [[Fúquene]], [[Guachetá]], [[San Miguel de Sema]], [[Susa]], [[Simijaca]], [[Cucunubá]], [[Ubaté]] y [[Lenguazaque]]. El territorio afectado esta dedicado principalmente a la [[ganadería]]. Básicamente la laguna anegó terrenos que hacían parte de la misma y fueron desecados para crear dedicarlos a la ganadería.<ref>{{cita noticia|autor=Caracol radio|fecha= 7 demayo de 2006|url=http://www.caracol.com.co/nota.aspx?id=283945|título= Crece el drama por las lluvias en Colombia. Cuatro personas murieron en Ciudad Bolívar}}</ref>
