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Además de la ornitología hizo trabajos valiosos en [[mamalogía]]; su libro ''Fur-Bearing Animals'' (1877) que fue distinguido por la exactitud y lo exhaustivo de sus descripciones de especies, varias de las cuales ya se estaban volviendo raras.
 
Tomó interés en el [[Espiritualismo (movimiento religioso)|espiritualismo]] y comenzó especulaciones en [[teosofía]]. Sintió la inadecuación de la ciencia ortodoxa formal en el tratamiento de los profundos problemas de la vida humana y el destino. Convencido por los principios de la [[evolución]] de [[Darwin]], creyó que esos principios debían ser posibles de aplicarse en la investigación síquica y propuso usarlos para explicar fenómenos oscuros tales como el [[hipnotismo]], la [[clarividencia]], la [[telepatía]] y similares. Para esto visitó a [[Madame Blavatsky]] en Europa. Fundó entonces la Sociedad Teosófica Gnóstica de Washington, y en 1890 se convirtió en presidente de la Sociedad Teosófica Esotérica de Estados Unidos. Alrededor de esas fechas él también se casó con Blavatsky y perdió su interés en el movimiento teosófico.<ref>Marble, C. C. 1900. The Late Dr. Elliott Coues. Birds and All Nature: February 1900.</ref>
 
Entre las más importantes de sus publicaciones, en varias de las cuales tuvo colaboraciones, son: ''A Field Ornithology'' (Una Ornitología de Campo, 1874); ''Birds of the North-west'' (Aves del Nordeste, 1874); ''Monographs on North American Rodentia'' (Monografías sobre Rodentia Norteamericanos), con [[J. A. Allen]] (1877); ''Birds of the Colorado Valley'' (Aves del Valle del Colorado, 1878); ''A Bibliography of Ornithology'' (Una Bibliografía de Ornitología, 1878-1880, incompleta); ''New England Bird Life'' (Vida Aviar de Nueva Inglaterra, 1881); ''A Dictionary and Check List of North American Birds'' (Un Diccionario y Lista de Control de Aves Norteamericanas,1882); ''Biogen, A Speculation on the Origin and Motive of Life'' (Biogen, Una Especulación sobre el Origen y los Motivos de la Vida, 1884); ''The Daemon of Darwin'' (El Demonio de Darwin,1884); ''Can Matter Think?'' (¿Puede la Materia Pensar?, 1886); y ''Neuro-Myology'' (Neuro-Miología, 1887). Contribuyó también con muchos artículos para el ''[[Century Dictionary]]'', escribió para varias enciclopedias, y editó los ''Journals of Lewis and Clark'' (Diarios de [[Lewis y Clark]], 1893), ''The Travels of Zebulon M. Pike'' (Los Viajes de [[Zebulon Pike|Zebulon M. Pike]], 1895) y "la narración personal de [[Charles Larpenteur]]", ''Forty Years a Fur Trader on the Upper Missouri'' (Cuarenta Años un Comerciante de Pieles del Misuri Superior, 1833-1872), publicado en 1898.
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