La figura de la Auditoría General de la República nació en la constituyente de 1991 por medio de la asignación de un auditor para la vigilancia de la gestión fiscal de la Contraloría General de la República. De esta forma, la Constitución Política se ocupó de garantizar la vigilancia de los órganos que ejercen control fiscal en el país facultando a una entidad especializada y autónoma para ello, con el fin de velar por la transparencia y eficacia del proceso.
Posteriormente, la Ley 106 de 1993 le dio por primera vez organización administrativa a la Auditoría y la adscribió al Despacho del Contralor General, acción que sería declarada inexequible en la Sentencia C-499 del 15 de septiembre de 1998<ref name="Sentencia C-499 de 1998">{{cita web|título=Sentencia C-499 de 1998|url=http://www.secretariasenado.gov.co/senado/basedoc/c-499_1998.html}}</ref>19983 , puesto que equivaldría una subordinación y dependencia de la Auditoría a la Contraloría que en este caso es el sujeto vigilado. Esta sentencia le devolvió la independencia a la entidad y por consiguiente la posibilidad de ejercer un control libre e imparcial de la función. Por lo anterior se dotó a la entidad de autonomía administrativa, presupuestal y jurídica.
Con esta claridad, enEn 1993 Alberto Yepes Mora inició la actividad de Auditor General en propiedad para realizar auditoría externa ante la CGR. Durante su administración se estableció una planta de personal calificado y se obtuvieron los recursos físicos para el funcionamiento de la entidad. En 1995 Alcira Hernandez Maldonado se posesionó ante el Consejo de Estado como Auditora para un periodo de dos años, en el cual se destacó la ejecución del control fiscal efectuado a la CGR y al Fondo de Bienestar de esa entidad, mediante diferentes ejercicios de auditoría. En 1997 y 1998, de la mano de Hernán Alonso Mazo Giraldo, se organizó el nivel seccional de la Auditoría, se diseñaron sistemas de rendición y revisión de cuentas y se establecieron los procedimientos y sistemas administrativos. En 1999 fue elegido Álvaro Guillermo Rendón López para asumir como Auditor y durante su gestión se promulgó el Decreto 272 de 2000, se amplió el ámbito de competencias a contralorías municipales, se crearon las gerencias seccionales y se lanzó el primer número de la Revista Sindéresis, publicación institucional de la entidad. César Augusto López Botero llega en 2001 para rediseñar y orientar procedimientos así como para unificar metodológicamente el proceso auditor. En este tiempo se conformó la Oficina de participación ciudadana y se realizaron diagnósticos estadísticos del control fiscal colombiano. En el año 2003 se posesiona Clara Eugenia López Obregón y trabaja para la implementación de un sistema de evaluación de entidades de autoría, el desarrollo de medios de difusión, la creación de una cooperación técnica universitaria y una cooperación internacional. En el año 2005 recibe el cargo Piedad Amparo Zúñiga Quintero quien se encarga de desarrollar un Sistema Integral de Auditoría y un sistema de información, quejas y participación ciudadana. Durante su gestión la Auditoría obtuvo un puesto permanente en calidad de invitado ante la OLACEFS. En 2007 Ana Cristina Sierra de Lombana es nombrada auditora y durante su periodo se encarga de implementar el Sistema Estándar de Control Interno - MECI- y las guías metodológicas para la realización de auditorias de impacto al SGP - salud, patrimonio cultural y medio ambiente-. Iván Darío Gómez Lee asume en el año 2009 y desarrolla el proyecto Contratación visible, el programa Auditores universitarios y la Academia virtual. En 2011 Jaime Raúl Ardila Barrera es elegido para asumir el cargo e implementa el programa Pedagogía, prevención y control social, continua con el legado de Auditores universitarios y contribuye a la promoción de procesos de reingeniería del control fiscal. Actualmente, Laura Emilse Marulanda Tobón ejerce como Auditora General de la República.
