[[Archivo:Antoine de Tounens vestido de Mapuche.jpg|thumb|200px|Tounens vestido de Mapuchemapuche.]]
Los proyectos independentistas llegaron a oídos del [[Presidentepresidente de la República de Chile]], [[José Joaquín Pérez Mascayano|José Joaquín Pérez]], quien instruyó a las reparticiones estatales la orden de encontrar a Tounens y apresarlo. Fue traicionado y entregado a la policía chilena por uno de sus colaboradores chilenos<ref name="book"/> llamado—llamado Juan Bautista Rosales, cabo segundo del regimiento de [[Nacimiento,del ejército chileno(Chile)|Nacimiento]]— el [[5 de enero]] de [[1862]].<ref name="Icarito"/><ref name="book"/><ref name="Saavedra"/> Enjuiciadoy enjuiciado por el comandante de [[Nacimiento (Chile)|Nacimiento]], Manuel A. Faes.
El [[7 de enero]], fue trasladado a [[Los Ángeles (Chile)|Los Ángeles]], donde fue interrogado por el intendente de Arauco, el coronel [[Cornelio Saavedra Rodríguez]].<ref name="Icarito"/><ref name="memo"/> Durante el juicio, enfermó de [[disentería]] y se le cayocayó el cabello. Acusado por perturbar el orden público, fue condenado en primera instancia a diez años de cárcel.
Pensando en su posible muerte, Tounens escribeescribió su testamento con estas palabras: “''«Considerando que, en previsión de nuestro fallecimiento, debemos determinar desde ya los derechos a nuestra sucesión; y en tal virtud instituimos como nuestros sucesores a la corona de Araucanía y Patagonia a Jean de Tounens, nuestro padre bien amado…''”amado».<ref name="ciudadano"/>
El 20 de octubre de ese año,<ref name="book"/> el magistrado Matus lo reputó loco y lo envió a un [[manicomio]] en Santiago, llegandoadonde llegó a estafines ciudad ende octubre de ese año. Debido a la intervención del cónsul francés Henri Cazotte, fue liberado y repatriado a Francia.<ref name="Icarito"/>
