En la [[naturaleza]] (bosques y montañas) alrededor de Jena hay diversas especies de animales. Especies típicas de mamíferos son por ejemplo el zorro, el jabalí, la liebre y el corzo. En los bosques se encuentran especies de árboles como la pícea, el pino, el roble y la haya, muy típicas para las [[Geografía de Alemania#Flora y fauna|zonas naturales de Alemania]]. Las laderas del valle de Saale son cubiertos de arbustos y hierbas, la tierra seca y calcárea no permite mucha vegetación. Gracias a la repoblación forestal del siglo pasado crece el pino salgareño (Pinus nigra) en muchos de estos sitios, un árbol mediterráneo bien adaptado a las condiciones. Un fenómeno singular es la existencia de diferentes especies raras de [[orquídeas]] alrededor de la ciudad, especialmente en el valle de Leutra (Leutratal), que partenece a una reserva natural. En el alrededor de Jena existen varias reservas naturales más como la reserva "Isserstedter Holz" al alrededor de la piedra de Napoleón ("Napoleonstein").
