Las obras significaron la expropiación de numerosos terrenos a lo largo de los trazados previstos, con la entrega de créditos para viviendas para los propietarios, y la utilización de la fuerza para quienes se resistían a ceder sus viviendas. La elección del método de viaducto adoptada para la mayor parte del recorrido provocó lo que los vecinos y urbanistas reticentes vieran el proyecto como una interrupción del paisaje urbano, segmentando y desvinculando los barrios. También fueron afectados diversos espacios verdes como la [[plaza Martín Fierro]], el [[Parque Chacabuco]] y el [[Parque Avellaneda]].
Los trabajos fueron financiados por créditos solicitados a organismos financieros internacionales, y fueron víctimas de numerosas denuncias de sobreprecios y mal manejo de fondos.<ref>{{cita web|apellido=Diario Página/12|nombre=|año=30 de julio de 2007|título=El hombre que ejecutó el diseño urbano represivo|url=http://www.pagina12.com.ar/diario/elpais/1-88910-2007-07-30.html| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref> Finalmente, solo dos de las ocho autopistas fueron inauguradas con un costo de 730 millones de dólares, el [[6 de diciembre]] de [[1980]]: la ''25 de Mayo'' (AU1) y la ''Perito Moreno'' (AU6).
A comienzos de la [[década de 1990]] se inauguró la [[Autopista Presidente Arturo Frondizi|Autopista 9 de Julio Sur]] que formaba parte del proyecto original de 1978, con la construcción de un nudo de combinación con la autopista 25 de Mayo. El [[1 de julio]] de [[1995]] sería inaugurado el enlace con la [[Autopista Ricardo Balbín|Autopista Buenos Aires - La Plata]], sobre la Avenida Ingeniero Huergo.
En [[2002]], en la intersección de la autopista con el [[Paseo Colón (Buenos Aires)|Paseo Colón]] comenzaron las excavaciones para descubrir los restos del centro clandestino de detención (CCD) [[Centro clandestino de detención#Club Atlético|Club Atlético]],<ref>{{cita web|apellido=Diario Clarín|nombre=|año=8 de mayo de 2002|título=Hallan celdas donde funcionó un centro clandestino de detención represivo|url=http://www.clarin.com/diario/2002/05/08/p-02101.htm| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref> que operaba ilegalmente en los sótanos del Servicio de Aprovisionamiento y Talleres de la División Administrativa de la [[Policía Federal Argentina|Policía Federal]].<ref>{{cita web|apellido=Instituto Espacio para la Memoria|nombre=|título=Club Atlético|url=http://www.institutomemoria.org.ar/exccd/atletico.html| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref> En ese sitio se construyó luego un monumento en memoria de los ''desaparecidos'' que fueron torturados y asesinados en el ''Atlético'', y se colocaron placas con sus nombres sobre las ruinas.
El [[17 de julio]] de [[2006]] fue ampliado el nudo de intercambio con la Avenida 9 de Julio, sumando tres nuevos accesos.<ref>{{cita web|apellido=Diario Clarín|nombre=|año=17 de julio de 2006|título=Quedó inaugurado el nuevo distribuidor vial entre las autopistas 25 de Mayo y 9 de Julio Sur|url=http://www.clarin.com/diario/2006/07/17/um/m-01235349.htm| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref> El [[7 de mayo]] de [[2008]] un camión que circulaba por uno de los anillos volcó una carga de [[limón|limones]] sobre la Avenida San Juan.<ref>{{cita web|apellido=Diario Clarín|nombre=|año=7 de mayo de 2008|título=Hubo un fuerte congestionamiento de tránsito en la 9 de Julio por el vuelco de un camión|url=http://www.clarin.com/diario/2008/05/07/um/m-01666724.htm| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref> El [[12 de mayo]] otro camión sufrió un accidente similar y tres rollos de chapa de una tonelada de peso cada uno cayeron a la avenida.<ref>{{cita web|apellido=Diario Clarín|nombre=|año=12 de mayo de 2008|título=Otro camión volcó su carga desde la autopista: cayeron tres rollos de chapa sobre la 9 de Julio|url=http://www.clarin.com/diario/2008/05/12/um/m-01670518.htm| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref> El [[20 de mayo]] un tercer camión perdió una carga de chapas galvanizadas. El rulo fue clausurado y sometido a diversos estudios estructurales a cargo de la [[Universidad de Buenos Aires|UBA]], y luego de barajar una posible demolición para evitar accidentes<ref>{{cita web|apellido=Diario Clarín|nombre=|año=21 de mayo de 2008|título=Afirman que si es necesario derribarán el tramo que une la 9 de Julio y la autopista 25 de mayo|url=http://www.clarin.com/diario/2008/05/21/um/m-01676951.htm| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref> fue reabierto de manera restringida el [[22 de mayo]].<ref>{{cita web|apellido=Diario Clarín|nombre=|año=22 de mayo de 2008|título=Reabrieron al tránsito el rulo de la autopista, aunque no podrán circular camiones|url=http://www.clarin.com/diario/2008/05/22/um/m-01677696.htm| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref> El [[21 de mayo]] de [[2009]] una malla metálica fue adosada a los costados del viaducto para prevenir situaciones a futuro.<ref>{{cita web|apellido=Diario Clarín|nombre=|año=21 de mayo de 2008|título=Autopista: malla metálica de 160 metros para que no caigan cargas|url=http://www.clarin.com/diario/2009/05/21/laciudad/h-01922953.htm| fechaacceso=20-12- de diciembre de 2009}}</ref>
