Spock logra burlar a la muerte y se une a sus compañeros para retornar al comando de la [[Flota Estelar]] para poder rendir cuentas (robo y destrucción del ''Enterprise'', sabotaje al ''[[USS Excelsior (Star Trek)|USS Excelsior]]'' (NX-2000), desobedecer órdenes de superiores, etc.). Sin embargo, cuando están camino a casa en una vieja ''ave de presa'' [[lingonklingon]] reciben una llamada de alerta acerca de una fuente desconocida que emite una serie de mensajes indescifrables que alteran el campo electromagnético de la Tierra y hacen que se produzcan tremendos cataclismos en el planeta. Estudiando estos mensajes Spock logra comprender que son similares a los cantos de ballenas; más adelante descubre que estos mensajes son para las ballenas jorobadas, que desgraciadamente en el siglo XXIII están extintas. [[James T. Kirk]], el [[Sr Spock]], [[Leonard McCoy]], [[Hikaru Sulu]], [[Nyota Uhura]], [[Pavel Chekov]] y [[Montgomery Scott]] emprenden entonces un viaje al pasado para traer un par de ballenas jorobadas a su tiempo. Terminan en el año [[1986]], donde se ven envueltos en todo tipo de situaciones. Logran su cometido y al regreso a su tiempo las [[ballenas]] logran calmar la impaciencia de la fuente de las perturbaciones, salvándose así el [[planeta Tierra]]. Después de esto Kirk y sus oficiales son enjuiciados, quedando todos los cargos retirados, excepto para Kirk, quien es degradado de almirante a capitán y se le asigna el mando del ''[[Enterprise|USS Enterprise-A]]''. La acción en el [[siglo XXIII]] se sitúa hacia el año [[2286]].
