La idea de la organización surge en 1982, cuando la crisis económica del países etimada para los salarios de los investigadores, llevando a varios a dejar el país para encontrar oportunidades. EnEntre los promotores iniciales están Jorge Flores, Salvador Malo and José Sarukhán, seguido de Jesús Reyes Heroles (después cabeza del [[Secretaría de Educación Pública (México)]]) y el Presidente [[Miguel de la Madrid]].<ref name=hsanchez/>
El perfil de la organización fue expuesto elen octubre de 1983. [[Academia Mexicana de Ciencias]] (then the Academia de la Investigación Científica) en [[Oaxtepec]], Morelos.<ref name=reflexion/> La organización fue aprobada por el presidente de México con la primera junto con es día de reunión en agosto de 1984. Las primeraspriordades prioridadesprimordiales sonelconsisten seleccionarenseleccionar la primera ronda de miembros y establecer salarios para los investigadores, esocon puedela revertirlos efectosfinalidad de revertir la fuga de cerebros<ref name=hsanchez/><ref name=reflexion/>
Desde su formación inicial ha experimentado reformas y ajustes de organización y criteriocriterios de evaluación, de modo más aparentenotablemente en 1986, 1988, 1993 y 1995. Durante este tiempo fue parte del programa más largo del CONACYT’sCONACYT con el objetivo de reformar la educación de postgrado en el país, que sufría de bajos estándares y mala calidad.<ref name=hsanchez/>
La organización ha crecido de los 1,200 miembros iniciales a más de 16,400 (2010). Ha afectado como se acreditan los estudios de postgrado en México y ha sido instrumento en la creación de políticas públicas hacia la investigación, especialmente en ciencias.<ref name=hsanchez/> ComoSin seaembargo, después de 25 años, ha habido problemas como fatiga institucional por los cambios en tecnología y otros cambios en la educación superior.<ref name=reflexion/><ref name=hsanchez/> México sigue teniendo obstáculos para competir de forma internacional en el campo de la investigación.<ref name=fracasa/> sigue habiendo una severa escasez de investigadores de ciencias en México, así como hayhabiendo .5 investigadores por cada 100,000 personas económicamente activas, similar a [[Guatemala]], con Argentina teniendo el mayor número.<ref name=donde/> Como enEn 2011, México fueocupó el puesto 35th35, abajopor debajo de [[Brasil]], [[Sudáfrica]] y [[China]] en actividad de investigación. La mayor parte de la actividad de investigación está concentrada en artículos pre-revisados más que las deneracionesgeneraciones de patentes económicamente importantes.<ref name=fracasa/>
