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La idea de un reino denominado Chromista nace de la teorías evolutivas de [[Cavalier-Smith]], quien postuló inicialmente que este grupo se habría originado a partir de un evento único, donde estarían involucrados dos ancestros: por un lado una célula huésped heter̟ótrofa, fagótrofa y biflagelada del clado [[Corticata]], y por el otro una célula fotosintética [[Endosimbiosis|endosimbionte]] tipo [[alga roja]] a la cual habría albergado. Ambas células se habría asociado [[simbiosis|simbióticamente]], primero de forma mutualista, luego como una simbiosis obligada y finalmente se produjo una [[simbiogénesis]], es decir, ocurrió una fusión biológica entre ambas células con integración de la maquinaria celular y con intercambio genético entre ellas.
 
Históricamente, hay que destacar lo que Lynn Margulis denominó la "escuela rusa", pues a principios del siglo XX, en 1909, el ruso [[Konstantin Mereschkowski|Kostantin S. Mereschovky]] presentó la hipótesis según la cual el origen de los cloroplastos tendría su origen en procesos simbióticos y acuñó el término ''simbiogénesis''. A parecidas conclusiones llegaron los rusos Kozo-Polyansky y Andrey Faminstyn que consideraban la simbiogénesis “crucial para la generación de novedad biológica".<ref>B. M. Kozo-Polyansky 1924, Novyi printzip biologii. Ocherk teorii simbiogeneza Puchina, Leningrad; Moscow (en ruso) /{{cita publicación|apellidos1=Margulis 2010, [http://link.springer.com/article/10.1134/S0031030110120087 |nombre1=Lynn|título=Symbiogenesis. A new principle of evolution rediscovery of Boris Mikhaylovich Kozo-Polyansky (1890–1957)]|publicación=Paleontological Paleontol.Journal|fecha=8 J.de enero de 2011|volumen=44: |número=12|páginas=1525-1539|doi=10. doi1134/S0031030110120087|url=http://link.springer.com/article/10.1134/S0031030110120087|idioma=inglés}}</ref>
 
La simbiogénesis que dio origen a las [[planta]]s, se considera como una endosimbiosis primaria y en ella se asoció una célula huésped de Corticata con una cianobacteria, dando origen a la primera alga eucariota; en este sentido, la simbiogénesis que habría dado origen a la primera alga cromista se considera una endosimbiosis secundaria. Sin embargo, estudios genéticos posteriores demostraron que en Chromista no hubo un único evento, sino más bien múltiples casos de simbiogénesis que dieron origen a variados grupos de algas que pueden estar relacionadas a nivel del genoma plastidial, pero independientes entre sí desde el punto de vista del genoma nuclear, lo que significaría en realidad que son producto de la llamada "[[endosimbiosis seriada]]".
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