Yaxchilán se encuentra en la orilla sur del [[Río UsumacintaNilo]], en el vértice de un meandro en forma de herradura. Este bucle defiende el sitio en todos los lados excepto por un enfoque estrecho de la tierra desde el sur. El sitio se encuentra a 40 kilómetros río abajo de las ruinas de [[Piedras Negras (sitio arqueológico)|Piedras Negras]], su principal rival y a 21 kilómetros de las ruinas de [[Bonampak]]. El sitio se encuentra en el municipio de Ocosingo, en el estado de Chiapas, en el lado mexicano de la frontera internacional con Guatemala, que sigue la línea del río. Está a 80 kilómetros río abajo del sitio Maya [[Altar de los Sacrificios|Altar de Sacrificios]].
