Anexo:Software libre en bioinformática

BroadEsta es una lista de software bioinformático y publicado bajo licencia de software de código abierto.

Software	Descripción	Plataforma	Licencia	Desarrollador
.NETO Bio	Set de herramientas basado en Microsoft 4.0 .NET para ayudar desarrolladores, investigadores, y científicos	.Marco NETO	Apache	Proyecto colaborativo
ÁNFORA	Software de análisis de Metagenómica	Linux	GPL
Anduril	Sistema de flujo de trabajo para análisis de datos orientado a objetos.	Linux, macOS, Windows	GPL	Universidad de Helsinki
Ascalaph Diseñador	Programa de ordenador de propósito general para modelado molecular, simulación y diseño molecular.		GPLv2	Agile Molecule
AutoDock	Paquete de software para realizar docking	GNU/Linux, macOS, IRIX, and Microsoft Windows	GPL	Instituto de Investigación Scripps
Avogadro	Editor y visualizador de moléculas		GPL	Proyecto colaborativo
Bioclipse	Plataforma visual para chemo- y bioinformatica basado en la Plataforma Eclipse de Cliente Rico (RCP)		Pública de eclipse	El Proyecto Bioclipse
Bioconductor	Paquete de herramientas para lenguaje R	Linux, macOS, Windows	Artístico 2.0	Fred Hutchinson Centro de investigación del Cáncer
BioJava	Paquete de herramientas para lenguaje Java	Linux, macOS, Windows	LGPL v2.1	Fundación bioinformática abierta
BioJS	Paquete de herramientas para lenguaje Javascript	Navegador de web	Apache	Proyecto colaborativo
BioMOBY	Registro de servicios web	Navegador de web	Artístico	Fundación bioinformática abierta
BioPerl	Paquete de herramientas para lenguaje Perl	Multiplataforma	Artístico, GPL	Fundación bioinformática abierta
BioPHP	Paquete de herramientas para lenguaje PHP		GPL v2	Fundación bioinformática abierta
Biopython	Paquete de herramientas para lenguaje Python	Multiplataforma	Biopython​	Fundación bioinformática abierta
BioRuby	Paquete de herramientas para lenguaje Ruby		GPL v2 o Ruby	Fundación bioinformática abierta
CP2K	Simulación atomística de sistemas de estado sólido, líquido, moleculares y biológicos		GPL Y LGPL	Código abierto libre GNU GPLv2 o más tarde
EMBOSS	Conjunto de paquetes para secuenciación y búsqueda bioinformática		GPL Y LGPL	Proyecto colaborativo
Galaxia	Sistema de integración de datos y Flujo de trabajo científico	Estilo Unix	Académico Libre	Proyecto colaborativo
GenePattern	Sistema de flujo de trabajo científico que proporciona cientos de herramientas de análisis genómico	Estilo Unix (servidor público); Linux, macOS, Windows	MIT	Instituto Broad , UC San Diego
Geworkbench	Plataforma de integración de dato genómica	Linux, macOS, Windows	GeWorkbench Licencia​	Columbia Universidad
GMOD	Toolkit Para dirigir muchos retos comunes en bases de datos biológicas	Estilo Unix (servidor), navegador de Web (cliente)	Varía depende de la herramienta	Proyecto colaborativo
GenGIS	Sistema para combinar información de mapas con secuencias biológicas.	Windows, macOS	GPL	Proyecto colaborativo
Genomespace	Aplicación web centralizada que proporciona transformaciones de formato del dato y facilita conexiones con otras herramientas bioinformáticas	Navegador de web	LGPL	Instituto Broad, Proyecto colaborativo
Suave	Un equivalente al software propietario Vector , herramienta para analizar y editar archivos de secuencia del ADN		GPL	Magnus Manske
GROMACS	Paquete de dinámica molecular principalmente diseñado para simulacros de proteínas, lípidos y ácidos nucleicos.	Linux, macOS, Windows	Público común 1.0	GenoViz
Integrated Genome Browser	Navegador de genoma de escritorio basado en Java	Linux, macOS, Windows	Público común 1.0	GenoViz
InterMine	Sistema de almacén de dato extenso, para el análisis e integración de datos biológicos	Multiplataforma	LGPL	Universidad de Cambridge
LabKey Servidor	Plataforma de software, deja organizaciones para integrar, analiza, y compartir complejo biomedical dato	Linux, macOS, Windows	Apache	Fundación de software LabKey
LAMMPS	Programa de dinámica molecular	Linux, macOS, Windows	Apache	Laboratorio Nacional de Sandia
mothur	Software para análisis del rRNA 16S	Linux, macOS, Windows		Universidad de Míchigan
PathVisio	Software de escritorio para dibujar, analizar y visualizar rutas biológicas	Linux, macOS, Windows	Apache 2.0	Universidad de Maastricht
Naranja	software de aprendizaje automático, con interfaz gráfica interactiva para análisis exploratorio de datos y librerías de Python	Linux, macOS, Windows	GPL	Universidad de Ljubljana
Staden	Ensamblaje de secuencia, edición y análisis, principalmente constando de gap4, ga5, y espín.	Linux, macOS, Windows	BSD	Consejo de investigaciones médicas del Fondo Wellcome, Instituto Sanger Instituto.
Banco de trabajo Taverna	Herramienta para diseñar y ejecutar workflows	Linux, macOS, Windows	LGPL	myGrid
UGENE	Herramientas bioinformaticas varias	Linux, macOS, Windows	GPL 2	Unipro
Unipept	Análisis de biodiversidad de metaproteomas	Navegador de web	MIT	Universidad Ghent
VOTCA	Paquete de modelado molecular de grano grueso	GNU/Linux, macOS, Windows, cualquiera otra variedad de Unix	Licencia de apache 2.0	Instituto Max Planck para investigación en Polímeros

Véase también

• Lista de software de alineación de la secuencia

Enlaces externos

• Software libre de Biología @– Directorio de Software Libre @– Fundación de Software Libre