Plantilla:Portada Bueno/4554
![Matriz de sustitución](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/e/e6/Matriz_PAM70.jpg/150px-Matriz_PAM70.jpg)
Una matriz de sustitución, o de puntuación, en biología evolutiva, describe el ritmo al que un carácter en una secuencia cambia a otro carácter con el tiempo. Las matrices de sustitución se ven usualmente en el contexto de alineamiento de secuencias de aminoácidos o ADN, donde la similitud entre secuencias depende del tiempo desde su divergencia y de los ritmos de sustitución según se representan en la matriz.