Usuario:NellySelem/Nivel de calidad Phred

La idea de calificar la calidad de la secuencia puede ser remontada a la descripción original del formato de archivo SCF propuesto por el grupo de Stadenen 1992.^[1] En 1995, Bonfield y Staden propusieron un método para utilizar puntuaciones de calidad por base para mejorar la exactitud de secuencias de consenso en proyectos de secuenciación de ADN .^[2]

Historia

Aun así, intentos tempranos para desarrollar puntuaciones de calidad por base sólo habían tenido éxito limitado.^[3]^[4]

El primer programa para desarrollar puntuaciones de calidad por base cuidadosas y potentes fue el programa Phred. Phred era capaz de calcular cuidadosamente una puntuación de la calidad cuidadosa que estaba enlazada logarítmicamente a las probabilidades de error. Phred fue rápidamente adoptado por la mayoría de los centros importantes de secuenciación gennómica así como por muchos otros laboratorios; la vasta mayoría de las secuencias de ADN producidas durante el Proyecto de Genoma Humano estuvieron procesadas con Phred.

Después, las puntuaciones de calidad Phred devinieron en el estándar requerido en la secuenciación de ADN, otros fabricantes de instrumentos de secuenciación de ADN, incluyendo Li-Cor y ABI, desarrollaron métricas de calidad similares para su llamado de bases.^[5] [[Categoría:ADN]] [[Categoría:Biología molecular]]

↑ «A standard file format for data from DNA sequencing instruments». DNA Sequence 3 (2): 107-110. 1992. PMID 1457811. doi:10.3109/10425179209034003.
↑ «The application of numerical estimates of base calling accuracy to DNA sequencing projects». Nucleic Acids Research 23 (8): 1406-1410. 25 Apr 1995. PMC 306869. PMID 7753633. doi:10.1093/nar/23.8.1406.
↑ Churchill GA, Waterman MS (Sep 1992). «The accuracy of DNA sequences: estimating sequence quality». Genomics 14 (1): 89-98. PMID 1358801. doi:10.1016/S0888-7543(05)80288-5.
↑ «Assignment of position-specific error probability to primary DNA sequence data». Nucleic Acids Research 22 (7): 1272-1280. 1994. PMC 523653. PMID 8165143. doi:10.1093/nar/22.7.1272.
↑ «Life Technologies - US».

[1] «A standard file format for data from DNA sequencing instruments». DNA Sequence 3 (2): 107-110. 1992. PMID 1457811. doi:10.3109/10425179209034003.

[2] «The application of numerical estimates of base calling accuracy to DNA sequencing projects». Nucleic Acids Research 23 (8): 1406-1410. 25 Apr 1995. PMC 306869. PMID 7753633. doi:10.1093/nar/23.8.1406.

[3] Churchill GA, Waterman MS (Sep 1992). «The accuracy of DNA sequences: estimating sequence quality». Genomics 14 (1): 89-98. PMID 1358801. doi:10.1016/S0888-7543(05)80288-5.

[4] «Assignment of position-specific error probability to primary DNA sequence data». Nucleic Acids Research 22 (7): 1272-1280. 1994. PMC 523653. PMID 8165143. doi:10.1093/nar/22.7.1272.

[5] «Life Technologies - US».

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