La edad y la naturaleza de algunos restos humanos hallados en la cueva Pendejo han sido cuestionadas por algunos autores:
* Para '''Brian S. Shaffer''' y '''Barry W. Baker''', las huellas de manos en la arcilla constituyen la única evidencia clara de la presencia humana y la datación de 36.000 años es cuestionable.<ref>« How Many Epidermal Ridges per Linear Centimeter? Comments on Possible Pre-Clovis Human Friction Skin Prints from Pendejo Cave », Brian S. Shaffer, Barry W. Baker, ''American Antiquity'', Vol. 62, No. 3, 1997, pp. 559-560.</ref>
* Para '''Dena F. Dincauze''', quien participó en las excavaciones, hay problemas graves de alteraciones postdeposicionales, asociados con la presencia de madrigueras de [[roedor]]es que podrían haber provocado el desplazamiento de algunos restos de las capas de más edad.<ref>« Regarding Pendejo Cave: Response to Chrisman et al », Dena F. Dincauze, ''American Antiquity'', Vol. 62, No. 3, 1997, pp. 554-555.</ref>
