En agosto de 2021, el diario ''[[El País]]'' recordó un episodio ocurrido en 1978, cuando fue acusado de un supuesto [[Abuso sexual infantil|abuso de menores]] en su época de capellán en el Colegio Chamberí de Hermanos Maristas de Madrid. Eduardo Mendoza, uno de sus alumnos, relató que lo denunció ante su tutor, lo que logró que se abriera una investigación que concluyó con la expulsión de Gabaráin de la institución a finales del mismo año y su traslado al colegio de San Fernando de la misma ciudad unos meses después. Al testimonio de Mendoza, se sumaron otros de varios exalumnos de la misma institución como parte de un recuento de los casos de abusos sexuales en España por el medio anteriormente mencionado.<ref>{{Cita web|url=https://elpais.com/sociedad/2021-08-08/tu-has-venido-a-la-orilla-el-cura-que-compuso-las-canciones-de-misa-mas-famosas-acusado-de-abusos.html|título=“Tú has venido a la orilla”: el cura que compuso las canciones de misa más famosas, acusado de abusos|fechaacceso=2021-08-09|apellido=Núñez|nombre=Iñigo Domínguez, Julio|fecha=2021-08-08|sitioweb=EL PAÍS|idioma=es}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.vidanuevadigital.com/2021/08/08/cesareo-gabarain-creador-de-pescador-de-hombres-acusado-de-abusos-sexuales/|título=Cesáreo Gabaráin, creador de ‘Pescador de hombres’, acusado de abusos sexuales|fechaacceso=2021-08-09|fecha=2021-08-08|sitioweb=Vida Nueva - Revista y portal de noticias religiosas y de Iglesia|idioma=es}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.adnradio.cl/internacional/2021/08/08/senor-me-has-mirado-a-los-ojos-el-autor-de-esta-cancion-fue-acusado-de-abusos-sexuales.html|título=“Señor, me has mirado a los ojos…”: el autor de esta canción fue acusado de abusos sexuales|fechaacceso=2021-08-09|apellido=ADN|sitioweb=ADN|idioma=es}}</ref> A 30 de septiembre de 2021 se habían recabado testimonios de hasta 17 víctimas de abusos continuados sufridos al menos desde el año 1959 (en que Gabaráin ejercía de capellán en la escuela guipuzcoana de [[Anzuola]]). Ninguno de los obispos de las respectivas diócesis donde se habrían producido los hechos tomó medida disciplinaria alguna, ni denunció los hechos a las autoridades, lo que el diario ''El País'' considera un presunto [[encubrimiento]].<ref>{{Cita web|url=https://elpais.com/sociedad/2021-09-30/la-iglesia-oculta-quien-encubrio-al-cura-estrella-de-la-musica-de-misa-acusado-de-pederastia.html|título=La Iglesia oculta al encubridor del cura estrella de la música de misa acusado de pederastia|autor=Íñigo Domínguez/Julio Núñez|fecha=30 de septiembre de 2021|sitioweb=elpais.com|ubicación=Madrid}}</ref>
La [[arquidiócesis de Los Ángeles]] en Estados Unidos ha sido la primera sede católica en prohibir el uso de sus canciones religiosas por considerar que sobre Gabaráin pesan «[[Casos de abuso sexual infantil cometidos por miembros de la Iglesia católica|acusaciones creíbles de abuso de menores]]». La misma decisión fue tomada de forma cautelar por Oregon Catholic Press, dueña de los [[Derecho de autor|derechos de autor]] del sacerdote en el país norteamericano, en agosto de 2021.<ref>{{Cita web|url=https://elpais.com/sociedad/2021-11-11/la-archidiocesis-de-los-angeles-prohibe-la-musica-del-cura-espanol-estrella-de-las-canciones-de-misa-abusado-de-abusos.html|título=La archidiócesis de Los Ángeles prohíbe la música del cura español Cesáreo Gabaráin, estrella de las canciones de misa, acusado de abusos|autor=Luis Pablo Beauregard/Íñigo Domínguez|fecha=2021-11-11|sitioweb=[[El País]]}}</ref>
