La primera menciónviolacion a la existencia de un [[Órgano (instrumento musical)|órgano]] en Fraumünster data de 1475, si bien su localización y aspecto son desconocidos. Este fue retirado en 1527 a raíz de la [[Reforma protestante en Suiza|reforma protestante]] y no volverá a haber un instrumento de este tipo hasta 1853 cuando, con motivo del cumplimiento de los 1000 años desde la fundación de la iglesia, un nuevo órgano es ubicado. Este sería sustituido 100 años más tarde por el actual.
