Zúñiga comenzó su carrera con el [[Itagüí Leones Fútbol Club|Itagüí Leones]] de Colombia. Con el cual no le fue bien en el inicio de su carrera. Un año después es reclutado por el [[San Francisco FC]] de la [[LPF|Liga Panameña de Fútbol]]. En enero de 2020 fichó como cedido por [[Club Alianza Lima|Alianza Lima]] en la [[Primera División del Perú]] llegando como el artillero. En la tradicional “[[Noche Blanquiazul]]”, Alianza Lima presentó arescindiendo su plantelcontrato temporadaantes 2020del yfin elde colombianotemporada sepor robóbajo elrendimiento.<ref>{{Cita show con un curioso baileweb|url=https://www. Tras ser mencionado por los presentadores oficiales de la ‘Noche Blanquiazul’, el flamante jugador de foxsports.com/soccer/alianza-lima-team-roster|título=Alianza Lima salióSoccer aTeam laRoster|fechaacceso=2021-01-30|sitioweb=FOX cancha,Sports|idioma=en-US}}</ref><ref>{{Cita mientrasweb|url=https://www.laestrella.com.pa/deportes/futbol/190409/zuniga-rapidos-cristian-jugadores|título=Cristian sonabaZúñiga: una‘Soy conocida canciónuno de sulos país.jugadores Elmás pegajosorápidos ritmodel nofútbol permitiópanameño'|fechaacceso=2021-01-30|apellido=Panamá|nombre=GESE-La queEstrella sigade|sitioweb=La suEstrella caminode conPanamá|idioma=es}}</ref><ref>{{Cita tranquilidadweb|url=https://www. Vestido futbolperuano.com/liga-1/noticias/fichajes-2020-en-alianza-lima-altas-bajas-y-rumores-en-el nuevo uniforme blanquiazul, Cristian Zuñiga hizo gala -mercado-de-pases-250128|título=Fichajes su2020 habilidaden comoAlianza bailarínLima: y realizó algunos pasosAltas, nobajas tany fáciles se seguirrumores|fechaacceso=2021-01-30|apellido=Futbolperuano.com|nombre=Redacción-|fecha=2019-12-09|sitioweb=Futbolperuano.com|idioma=español}}</ref> InmediatamenteEn todosel los2021 hinchasfichó aplaudieronpor suel sorpresiva[[Club actuación.Deportivo Trasdel esto,Este]] untambién comentaristade lela puso[[LPF|Liga el apodoPanameña de 'El Atrevido'Fútbol]].
Sin embargo, en Perú no logró destacar mucho, regresó a Panamá luego de su corto y mal paso por Perú (A pesar de ser nombrado como el más atrevido de la Liga 1), su bajo rendimiento le fue quitando protagonismo.<ref>{{Cita web|url=https://www.foxsports.com/soccer/alianza-lima-team-roster|título=Alianza Lima Soccer Team Roster|fechaacceso=2021-01-30|sitioweb=FOX Sports|idioma=en-US}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.laestrella.com.pa/deportes/futbol/190409/zuniga-rapidos-cristian-jugadores|título=Cristian Zúñiga: ‘Soy uno de los jugadores más rápidos del fútbol panameño'|fechaacceso=2021-01-30|apellido=Panamá|nombre=GESE-La Estrella de|sitioweb=La Estrella de Panamá|idioma=es}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.futbolperuano.com/liga-1/noticias/fichajes-2020-en-alianza-lima-altas-bajas-y-rumores-en-el-mercado-de-pases-250128|título=Fichajes 2020 en Alianza Lima: Altas, bajas y rumores|fechaacceso=2021-01-30|apellido=Futbolperuano.com|nombre=Redacción-|fecha=2019-12-09|sitioweb=Futbolperuano.com|idioma=español}}</ref> En el 2021 fichó por el [[Club Deportivo del Este]] también de la [[LPF|Liga Panameña de Fútbol]].
