Comenzó su carrera como entrenador en 1996 dirigiendo al [[Club Deportivo HumanesMaracatán|C.Club D.Deportivo HumanesMaracatán]].<ref>{{cita web |url=http://www.marca.com/2011/09/23/futbol/equipos/rayo/1316808855.html |título=Sandoval, de la tierra a la alfombra del Bernabéu |fechaacceso=18 de octubre de 2012 |apellido=Contreras |nombre=Emilio |fecha=14 de septiembre de 2011 |sitioweb=[[Marca (periódico)|Marca]]}}</ref> Posteriormente, se hizo cargo de la [[Agrupación Deportiva Parla|A. D. Parla]], equipo al que ascendió de categoría [[Preferente Madrid|Preferente]] a [[Tercera División de España|Tercera División]].<ref name="inicios">{{cita web |url=http://www.noticiasdenavarra.com/2012/04/06/osasuna/sandoval-cocinero-antes-que-entrenador |título=Sandoval: cocinero antes que entrenador |fechaacceso=18 de octubre de 2012 |apellido=Recalde |nombre=Mikel |fecha=6 de abril de 2012 |sitioweb=[[Diario de Noticias]] |urlarchivo=https://archive.today/20130130015337/http://www.noticiasdenavarra.com/2012/04/06/osasuna/sandoval-cocinero-antes-que-entrenador |fechaarchivo=30 de enero de 2013 }}</ref> Tras una segunda etapa en el Humanes, fue contratado por el [[Club Atlético de Pinto]] y jugó el ''play-off'' de ascenso a [[Segunda División B de España|Segunda División B]] después de finalizar en tercera posición la competición regular.<ref name="inicios" /><ref>{{cita web |url=http://www.clubatleticodepinto.com/index.php?option=com_content&view=section&id=8&Itemid=9 |título=Historia del Club Atlético de Pinto |fechaacceso=18 de octubre de 2012 |sitioweb=[[Club Atlético de Pinto]]}}</ref> En 2006 fichó por el [[Getafe Club de Fútbol "B"|Getafe C. F. "B"]], al que también clasificó para disputar una promoción a la categoría de bronce.<ref name="inicios" />
En diciembre de 2007 pasó al banquillo del [[Rayo VallecanoReal de Madrid "B"]]<ref name="inicios" /> y, en la temporada 2008-09, llevó al equipo a la final de la [[Copa Real Federación Española de Fútbol|Copa Federación]],<ref name="inicios" /> donde cayeron derrotados ante el [[Real Jaén Club de Fútbol|Real Jaén C. F.]]<ref>{{cita web |url=http://www.as.com/futbol/articulo/real-jaen-gana-golear-rayo/20090415dasdasftb_52/Tes |título=El Real Jaén gana tras golear al Rayo Vallecano B |fechaacceso=18 de octubre de 2012 |autor=Agencia EFE |enlaceautor=Agencia EFE |fecha=15 de abril de 2009 |sitioweb=[[As (periódico)|As]]}}</ref> Una campaña después consiguió el primer ascenso a Segunda División B en la historia del filial rayista, tras ser campeones del grupo VII de Tercera División y vencer en la [[Anexo:Promoción de ascenso a Segunda División B de España 2010|promoción]] al [[Centre d'Esports L'Hospitalet|C. E. L'Hospitalet]].<ref>{{cita web |url=http://www.marca.com/2010/06/20/futbol/equipos/rayo/1276986160.html |título=La permanencia del Rayo ratifica el ascenso del filial a Segunda B |fechaacceso=18 de octubre de 2012 |autor=Agencia EFE |enlaceautor=Agencia EFE |fecha=20 de junio de 2010 |sitioweb=[[Marca (periódico)|Marca]]}}</ref>
Para la temporada [[Segunda División de España 2010-11|2010-11]] se hizo cargo del [[Rayo Vallecano de Madrid]]<ref>{{cita web|url=http://futbol.as.com/futbol/2010/06/20/mas_futbol/1276984854_850215.html |título=Sandoval, nuevo entrenador del Rayo Vallecano |fechaacceso=1 de noviembre de 2012 |autor=Agencia EFE |enlaceautor=Agencia EFE |fecha=20 de junio de 2010 |sitioweb=[[As (periódico)|As]]}}</ref> y cosechó un nuevo ascenso, esta vez a [[Primera División de España|Primera División]], tras una victoria por 3-0 lograda el día 22 de mayo de 2011 ante el [[Xerez Club Deportivo|Xerez C. D.]] en la jornada 40 del campeonato.<ref>{{cita web |url=http://www.europapress.es/deportes/futbol-00162/noticia-futbol-rayo-vallecano-asciende-primera-division-12-anos-despues-20110522140149.html |título=El Rayo Vallecano asciende a primera división 12 años después |fechaacceso=18 de octubre de 2012 |fecha=22 de mayo de 2011 |sitioweb=[[Europa Press]]}}</ref> Además, fue galardonado por el diario ''[[Marca (periódico)|Marca]]'' con el [[Trofeo Miguel Muñoz]] como mejor entrenador del año en [[Segunda División de España|Segunda División]].<ref>{{cita web |url=http://www.marca.com/2011/10/03/futbol/1317649631.html |título=La gran fiesta del fútbol español |fechaacceso=18 de octubre de 2012 |apellido=Olmedo |nombre=Álvaro |fecha=3 de octubre de 2011 |sitioweb=[[Marca (periódico)|Marca]]}}</ref> En la temporada [[Primera División de España 2011-12|2011-12]], consiguió la permanencia del Rayo en la máxima categoría después de una victoria en la última jornada ante el [[Granada Club de Fútbol|Granada C. F.]] por 1-0.<ref>{{cita web |url=http://www.marca.com/2012/05/13/futbol/1adivision/1336939213.html |título=Otro 'tamudazo' para la memoria |fechaacceso=18 de octubre de 2012 |apellido=Liceras |nombre=Ángel |fecha=13 de mayo de 2012 |sitioweb=[[Marca (periódico)|Marca]]}}</ref> A pesar de ello, la directiva del club decidió no renovar su contrato.<ref>{{cita web |url=http://futbol.as.com/futbol/2012/05/25/mas_futbol/1337896827_850215.html |título=El Rayo Vallecano decide no renovar a Sandoval |fechaacceso=25 de mayo de 2012 |apellido=Jiménez |nombre=Rubén |fecha=25 de mayo de 2012 |sitioweb=[[As (periódico)|As]]}}</ref>
