A su regreso, fue contratado por el [[Pachuca Club de Fútbol|Pachuca]] en [[1998]], equipo con quien obtuvo el campeonato del torneo de invierno en [[1999]].
En 1999, con motivo de la consulta nacional organizada por el EZLN (Ejercito Zapatista de Liberacion Nacional), Aguirre organizó a varios ex-futbolistas profesionales para jugar un partido contra los delegados zapatistas enviados al D. F. ,mismo que se realizó el 15 de Marzo, en las instalaciones del el estadio Jesús Martínez "Palillo" de la Ciudad Deportiva, en un gesto que denota su espíritu solidario para con las causas que el considera justas, como lo externó en una entrevista realizada por el diario mexicano "La Jornada", (21-dic-1999) "--¿Cuál consideras tu mejor virtud? (pregunta la entrevistadora)--No pensar sólo en futbol. Me vale madre ser campeón o no serlo. ¡Soy libre!, te lo juro, no va mi vida de por medio en un título. Para mí lo principal son mis chavos, mi mujer, mi madre, mis hermanos. Me interesa que mis chavos sepan que hay que romperse la madre en esta vida, que hay que ayudar al prójimo y no hay que ser ojete. Quiero darles elementos para que sean gente de bien, útil. Que sean pintores, panaderos, actores, futbolistas, ingenieros o lo que quieran, pero con valores." http://www.jornada.unam.mx/1999/12/21/dep1.html
Para el [[2001]], fue contratado para dirigir a la [[Selección nacional de fútbol de México|selección nacional mexicana]], logrando el subcampeonato de la [[Copa América 2001]] y clasificarla para el [[Copa Mundial de Fútbol de 2002|Mundial de 2002]].
